Bocznica odchodziła od końca stacji Kraków Wisła i prowadziła wzdłuż wału wiślanego pod mostem kolejowym, za którym skręcała na teren chłodni (skąd odchodziła krótsza bocznica pod rampę chłodni od strony Wisły) i cementowni, za którą przecinała ukośnie ulicę Portową. Za tym przejazdem znajdował się rozjazd (jego drugi tor obsługiwał bocznice zakładów przemysłowych przy ul. Klimeckiego). Główny tor biegł dalej wzdłuż ul. Portowej, ponownie przecinając odbijającą w prawo ul. Portową i tuż przed estakadą ul. Ofiar Dąbia rozdzielał się na dwa tory: lewy prowadził prosto do "Namarolu", a prawy – do zakładów naprawczych "ZREMB".