Z początkiem XVII w. od Zembrzyc odłącza się Sucha i Stryszawa tworząc nową parafię w Suchej.
Drewniany kościółek kilkakrotnie powiększany został rozebrany w 1910 r.
Na jego miejscu w latach 1911 ? 1913 został wybudowany nowy kościół, zaprojektowany przez architekta Mączyńskiego z Krakowa. Fundatorką była dziedziczka Zembrzyc Teofila Znamięcka, która przed swoją śmiercią w 1903 r. zapisała na ten cel znaczną sumę. Dzięki staraniom ówczesnego proboszcza Ks. Władysława Włodygi i ofiarności parafian oraz pomocy Polonii zembrzyckiej, budowa nowego kościoła została w krótkim czasie ukończona a jego wnętrze wyposażone w ławki, organy, dzwony na wieży. Główny ołtarz i ambonę ufundował po swoim powrocie z Ameryki Jan Zawiła. Kościół ten został konsekrowany w 9 lipca 1933 r. przez kard. Adama Stefana Sapiehę, metropolitę krakowskiego.

W 1966 r. do parafii Zembrzyce została dołączona Marcówka, która wcześniej należała do parafii Stryszów. Kaplica w Marcówce pod wezwaniem MB Częstochowskiej, powstała z rozbudowanego punktu katechetycznego, została poświęcona w 1990 r. przez ks. biskupa Juliana Groblickiego.
Parafia Zembrzyce liczy obecnie ok. 2850 mieszkańców.
Głównym patronem parafii jest św. Jan Chrzciciel. Odpust przypada w niedzielę po 24 czerwca. Drugi odpust ku czci Matki Bożej Szkaplerznej jest obchodzony 16 lipca.
W latach 2005-2006 został przerowadzony remont dachu kościoła. Wymieniono część konstrukcji drewnianej dachu oraz całe jego pokrycie nową dachówką a pod wieżą blacha miedzianą. W następnych latach w miejsce bardzo zniszczonego ogrodzenia z cegły zostało wybudowane nowe z kamienia naturalnego. Na murku z kamienia między kamiennymi słupkami umocowano segmenty stalowe wykonane w zakładze kowalstwa artystycznego w Sułkowicach. 20 poszerzonych słupków-filarów pełni rolę kapliczek, w których sukcesywnie będą umieszczane mozaiki przedstawiające tajemnice różańca. Kapliczki różańcowe są fundowane przez mieszkańców Zembrzyc. Wokół kościoła wykonano nowy chodnik z płyt granitowych oraz wybudowano także granitowe schody przed głównym wejściem z podjazdem dla niepełnosprawnych. W 2011 r. zostały wykonane nowe dębowe drzwi do kościoła, a we wnętrzu świątyni umieszczono obrazy Jezusa Miłosiernego i bł. Jana Pawła II. Za: