Budowę budynku dla zakonu misjonarzy ukończono w 1696 r.b W 1735 powstał na tyłach kolejny budynek, a ok. 1740 powstało skrzydło wschodnie, mieszczące aptekę i furtę wejściową. W 1784 powstała kolejna część budynku od ul. Berga (Traugutta) ze szkółka parafialną, domem zakonnym i biblioteką. W 1864 carat skasował zakon a część klasztoru wyburzono w 1866, tworząc dzisiejszą ul. Traugutta. Prace nad nowym budynkiem dla III Gimnazjum Męskiego prowadzone były wg proj. Bolesława Podczaszyńskiego w 1867-68. W 1915 miejsce gimnazjum zajęła inna szkoła, Gimnazjum im. Św. Stanisława Kostki. Misjonarze powrócili do budynku w roku1918. W 1944 klasztor częściowo spłonął a w 1945 odbudowano go w uproszczonej postaci. W odbudowanym budynku nadal urzędują zakonnicy, do spółki z Instytutem Filozofii UW.