Kościół św. Jadwigi ufundowała św. Jadwiga już w 1212 r. Nad futryną klasztoru znajduje się napis: „Munificentia S. Hedwigis 1212” co znaczy „Szczodrobliwości św. Jadwigi 1212”. O zakonie franciszkańskim w Złotoryi pisma wspominają po raz pierwszy w 1244 r. Średniowieczne budowle zostały zrujnowane w 1427 r. podczas najazdu husyckiego, wymordowani zostali wszyscy zakonnicy. Ok. 1526 r. klasztor przejęli protestanci. Wkrótce potem w kompleksie swoje miejsce znalazło gimnazjum łacińskie prowadzone przez Valentina Trozendorfa. Jego szkoła funkcjonowała do pożaru z 1554 r. Franciszkanie powrócili do klasztoru na początku XVIII w. dokonując odbudowy kościoła i zabudowań klasztornych. Zakon przebywał w Złotoryi do sekularyzacji w 1810 r. W 1813 r. w klasztorze mieścił się lazaret. Przed wojną mieściło się w klasztorze miejskie archiwum i parafia. W 1984 r. na podwórzu klasztoru funkcjonariusze SB spalili samochód arcybiskupa wrocławskiego Henryka Gulbinowicza.

Do czasów współczesnych z średniowiecznej budowli kościoła klasztornego św. Jadwigi pozostały jedynie mury i przypory prezbiterium, które zamykają kościół od wschodu wielobocznie. Obecna architektura kościoła pochodzi z połowy XVIII. Jest to budowla barokowa (jednonawowa, trzyprzęsłowa, z jednoprzęsłowym prezbiterium) wzniesiona z kamienia. Fasada ozdobiona jest pilastrami i szczytem ujętym w spływ. Wnętrze zachowało styl barokowy (ołtarz główny z bramkami, ołtarze boczne, ambona, malowana empora chóru). Zachowała się kaplica Ottiliusa z początku XVI w., ze stiukową dekoracją sklepienia. Przed kościołem znajduje się figura św. Jana Nepomucena oraz słupkowa kapliczka z końca XV w.

Klasztor Franciszkanów wzniesiony został z inicjatywy księżnej Jadwigi; wymieniony w dokumencie księcia Bolesława legnickiego w 1258 roku. Pierwotny kościół i klasztor zniszczone zostały ok. 1427 r., następnie odbudowane ok. 1450 r. Franciszkanie w okresie reformacji opuścili miasto, budynek klasztorny został podarowany przez księcia Fryderyka II w 1540 r. protestanckiemu, humanistycznemu gimnazjum Trotzendorfa. Ok. 1700 r. Franciszkanie powrócili do Złotoryi, w 1704 r. przekazany im został kościół parafialny. Kościół wraz z klasztorem został przebudowany w latach 1708-1725 (36?). Z pierwotnej budowli zachowały się jedynie średniowieczne mury i przypory prezbiterium pochodzące z XV w.