Krakowski ogród botaniczny powstał na miejscu ogrodu rodziny Czartoryskich, zakupionego w 1752 przez jezuitów]. Po kasacie zakonu został on przekazany Komisji Edukacji Narodowej, która w ramach reformy Akademii Krakowskiej założyła ogród botaniczny jako zakład pomocniczy katedry chemii i historii naturalnej. Obszar, obejmujący początkowo ok. 2,4 ha zaprojektowano jako park barokowy typu francuskiego, w obrębie którego urządzono kolekcje roślin leczniczych oraz ozdobnych. Organizacją ogrodu zajmował się Jan Jaśkiewicz (1749–1809). W roku 1783 ruszyły prace przygotowawcze, a w 1787 r. postawiono pierwsze szklarnie. Obszar ogrodu powiększano kilkukrotnie. Swą obecną powierzchnię ok. 9,6 ha uzyskał w latach pięćdziesiątych XX wieku. Najwcześniejszy kompleks szklarniowy „Victoria”, którego część stoi w miejscu najstarszych szklarni został przebudowany w XIX i XX wieku, a w latach 1993–1998 poddano go rekonstrukcji. W 1882 r. wybudowano palmiarnię istniejącą do 1969 r. W 1966 r. oddano do użytku palmiarnię „Jubileuszową” wraz z zespołem szklarni tropikalnych. Z 1954 r. pochodzi „Holenderka” – niska cieplarnia zawierająca m.in. zbiory storczyków[4].

W latach 1788–1792 zbudowany został gmach Obserwatorium Astronomicznego (przebudowany w 1858–1859). W obserwatorium pracował Jan Śniadecki, znany krakowski matematyk i astronom, a także astronom Tadeusz Banachiewicz. Obecnie w budynku zwanym Collegium Śniadeckiego mieści się Instytut Botaniki UJ. W 1792 na terenie ogrodu powstała jedna z najstarszych stacji meteorologicznych na terenie Polski. Posiada ona nieprzerwaną serię pomiarową od 1825. Pierwotnie w miejscu tym rozciągała się jurydyka Wesoła, założona w 1639 r. przez Katarzynę Zamoyską, która sama nadała jej taką właśnie nazwę. Prawdopodobnie już w okresie renesansu istniała tu rozległa podmiejska posiadłość z niewielkim pałacykiem typu „villa suburbana”. Rezydencję otaczał geometryczny, kwaterowy park, w którego południowej części przebiegał kanał wodny z dawnego starorzecza. Książęta Czartoryscy uczynili z niej jeden z najładniejszych podkrakowskich pałaców. Przebudowy gmachu na potrzeby Obserwatorium Astronomicznego dokonano według projektu warszawskiego architekta Stanisława Zawadzkiego, a nad jego realizacją czuwał Feliks Radwański. Budowla otrzymała umieszczone na dachu kopuły obserwacyjne („postrzegalnie”), a wysokie sale na parterze przeznaczono na potrzeby Ogrodu Botanicznego (m.in. mieszkali tam jego dyrektorzy). W latach 1829–1833 znajdujący się po prawej stronie pałacu domek ogrodnika przebudowano na siedzibę kancelarii Ogrodu. Mieszczące się po lewej stronie dawne stajnie dworskie przekształcono natomiast na mieszkania dla służby ogrodowej. Kolejna przebudowa miała miejsce w 1859 r., kiedy to dawny pałac został uformowany w stylu klasycyzmu. Z okolic pałacu w 1 kwietnia 1784 r. odbył się słynny wzlot balonu, zorganizowany przez J. Śniadeckiego i J. Jaśkiewicza[5][6].

Od połowy XIX wieku, głównie za sprawą botanika Józefa Warszewicza (1812-1866) podróżnika po Ameryce Środkowej i Południowej, zaczyna być rozwijana kolekcja roślin storczykowatych. Dzisiaj jest ona najstarszą i największą kolekcją tego typu w Polsce, z około 500 gatunkami.