Kościół powstał najprawdopodobniej w XII wieku. Możliwe również, że istniał już od 876 jako romańska świątynia. Po pożarze Lublina w XIII w. został odbudowany w 1282 r. Z tym faktem jest związana legenda, jakoby kościół miał być wotum od Leszka Czarnego za sen, w którym objawił mu się archanioł Michał i zachęcił do pościgu za najeżdżającymi okolicę Jaćwingami. Kościół na początku był prostą budowlą, z półkolistym prezbiterium i nawą. W XIV w. świątynię ponownie przebudowano, tym razem w stylu gotyckim. Prezbiterium zamknięto równobocznie, na zewnątrz dodano łuki przyporowe, dobudowano zakrystię i kilka bocznych kaplic, sklepienie zmieniono na żebrowe. W 1341 po najeździe Tatarów na Lublin, miała miejsce kolejna odbudowa. W XV w. z frontu od ulicy Grodzkiej, powstała potężna wieża, dominująca nad zabudowaniami miejskimi, która podobno była widoczna na 5 mil od Lublina. Pokryto ją miedzianą blachą, a jej szczyt wieńczyła blaszana chorągiewka, która wskazywała kierunek wiatru. Na wieży umieszczony został zegar oraz dzwony, w tym Michał. W XVI w. świątynia stała się kolegiatą. Obok cmentarza otaczającego kościół, zbudowano plebanię, dom mansjonarski, mieścił się tu również szpital oraz Szkoła. W 1575 kościół ponownie spłonął, runęła wtedy wieża, przerażając ówczesnych mieszkańców Lublina hałasem. Kościół odbudowano, wieżę również, tym razem bez zegara. Do sześciu kaplic dobudowano siódmą. W 1653 kościół ponownie spłonął, odbudowano go dopiero w 1741. W 1769 w wyniku ogromnej burzy kościół spłonął, szczególnie uszkodzona została wieża. Farę jednak ponownie odbudowano. Po przeniesieniu biskupa z Krasnegostawu do Lublina w latach 1826-1832 świątynia pełniła funkcje katedry. Była jednak w bardzo złym stanie, więc katedrą stał się dawny kościół Jezuitów. Opuszczony kościół groził zawaleniu i w 1846 postanowiono o jego rozbiórce. Nie spotkało się to z żadnym sprzeciwem władz kościelnych oraz lublinian. Rozbiórka kościoła trwała w latach 1846-1852. Obecnie na placu, noszącym nazwę "Po Farze" są wyeksponowane odkopane fundamenty fary.