Kamień węgielny pod obecny kościół został wmurowany 3 maja 1603 roku. Budowa świątyni została zakończona w 1614 roku, o czym świadczy kartusz na łuku tęczowym łączącym nawę z prezbiterium. Dnia 1 października 1617 roku odbyła się uroczysta konsekracja kościoła, której dokonał sam Fundator Henryk Firlej ówczesny biskup Płocki. Tego samego dnia sporządzony zostaje akt erekcyjny nowego kościoła, oraz powołanej do życia Mansjonarii. O fakcie konsekracji kościoła, oraz o ustanowieniu i uposażeniu Mansjonarii zaświadcza napis na marmurowej tablicy pamiątkowej, umieszczonej nad wejściem do południowej zakrystii.
Kościół parafialny w Czemiernikach to obiekt jednonawowy z parą bocznych kaplic, z prezbiterium węższym i zakończonym półkoliście. Od frontu posiada dwie wieże wysokości 38 m.