Zapora główna jest zlokalizowana 173 km od ujścia Dunajca do Wisły w miejscu, gdzie przedtem znajdowała się przystań flisacka i most przez rzekę. Gromadzi wody spływające z obszaru ponad 1100 km2 i ma wysokość 56 metrów. Zapora ta – długa na ponad 400 m i szeroka w koronie na 7 m – ma charakter budowli ziemnej z rdzeniem gruntowym. Umieszczone w niej urządzenia upustowe umożliwiają zrzut wody w ilości ponad 2 tys. m3 w ciągu sekundy.