Wnętrze kościoła po regotyzacji w latach 1972/73 reprezentuje czystość architektoniczną oraz to co nazywamy – amor vacui – czyli adorację przestrzeni z przewagą gładkich i pustych płaszczyzn. Brak bocznych ołtarzy przy filarach odsłania czystość gotyckiej architektury, tworząc szlachetną w swej wymowie – pustkę gotycką. Jest to rzadki przykład na Pomorzu świadomie zrealizowanej ekspozycji samej architektury gotyckiej wnętrza. W nawie głównej kościoła wyraźnie zarysowane cztery przęsła o sklepieniu gwieździstym, oddzielone gruntami. W nawach bocznych występuje podobnie regularny podział. W prezbiterium dwuprzęsłowym sklepienie gwieździste łagodnie spływające na ściany. Prezbiterium otwarte ku nawie głównej ostrołukową arkadą. Nawa główna otwarta ku nawom bocznym czterema parami ostrołukowych arkad. Od strony zachodniej podwieszony chór muzyczny, drewniany. W pomieszczeniu pod wieżą także sklepienie gwieździste.

W XIV i XV w. w okresie pomyślnego rozwoju miasta znaczniejsze rady miejskie fundowały w kościele kaplice, zastrzegając sobie patronat nad nimi. Usytuowane od strony północnej przylegały bezpośrednio do nawy kościoła. Wszystkie one zostały jednak rozebrane w czasie generalnej restauracji kościoła w latach 1842/45. Wtedy też rozebrano dwie boczne kaplice w części przy wieżowej. Remont ten był przygotowywany już w 1833 r. w pracowni pruskiego królewskiego nadzoru budowlanego w Berlinie, a dotyczył przebudowy zewnętrznej architektury kościoła i jego wnętrza. Konserwacja ta zaciążyła najbardziej na sylwecie obiektu, kiedy to został obniżony dwuspadowy dach kościoła i prezbiterium do wysokości połowy trzeciej kondygnacji wieży. Restauracja kościoła w latach 1914/15 przywróciła pierwotną wysokość dachu, a całość konstrukcji drewnianej przykryta została dachówką ceramiczną. Stan ten przetrwał do czasów współczesnych.

Wystrój wnętrza kościoła co najmniej trzy razy przechodził bardzo gruntowny remont, który w sposób zasadniczy wpłynął na zmianę wewnętrznego wyglądu świątyni.
Pierwszy okres obejmuje czas od powstania kościoła w pierwszej połowie XIV w. do roku 1534, to jest do końca panowania Bogusława X. Czas ten to okres pełnego rozkwitu sztuki gotyckiej na Pomorzu. Drugi okres to likwidacja elementu katolickiego w kościele i wprowadzenie do wnętrza wystroju protestanckiego. Trwał on do roku 1945. Średniowiecznym zabytkom sztuki sakralnej zagroziło wtedy szczególne niebezpieczeństwo. Cała plastyka gotycka w większości zginęła pad wpływem purytańskiej doktryny protestanckiej.
Od początków XVI w. zagrażającym rozwojowi katolickiego życia religijnego był rozwijający się gwałtownie luteranizm. Wnętrze kościoła najbardziej ucierpiała w latach 1942/45. Jak pisze Vanselow – ówczesny pastor kościoła – bez żadnych skrupułów usuwano wówczas z kościoła wszystko, co przypominało katolicyzm (m.in. konfesjonały z 1519 r.). W tym czasie świątynia otrzymała nowy wystrój: balkony na nawami bocznymi, emporę organową i nową polichromię. W 1866 r. całość wnętrza zastała odmalowana, ustawiano nowe stalle, zbudowano nową ambonę. W latach 1914/15 wymieniono komplet ławek, wykonano ponowne malowanie wnętrza i wstawiono nowe witraże. Trzeci okres obejmuje lata współczesne po roku 1945. Jest to powrót do tradycji katolickiej i pełna regotyzacja wnętrza w latach 70-tych. Wcześniej, bo już w latach 1959/63 usunięto z obu naw bocznych balkony, co przywróciło wnętrzu gotycką smukłość i wykonano malowanie ścian w kolorze jasnoszarym techniką wapienną. Po przeprowadzeniu licznych badań wnętrza w 1972 r. podjęto pracę dla przywrócenia świątyni dawnego gotyckiego wyglądu. Dokonano wówczas odczyszczenia służek, gzymsów, filarów, obramień i lasek okiennych, pokazania wszystkich profili, odczyszczenia ścian. W dalszych latach umieszczono w prezbiterium nastawę ołtarza głównego (1973) i zrekonstruowano wg projektu artystów z Poznania w śmiałej formie kratownicy, dawny gotycki ołtarz z 1512 r. W 1974 r. założono nową marmurową posadzkę, ustawiono nowe dębowe stalle i sześć nowych konfesjonałów, wtedy też wykonane zostały nowe ławki, rozmieszczono nowe stacje drogi krzyżowej i podwieszono wielopłomienne metalowe koła-żyrandole w nowie głównej i bocznych.
Renowacja katedry koszalińskiej, została przeprowadzona w latach 70-tych naszego stulecia z pełnym uszanowaniem wymogów konserwatorskich. Stała się najlepszym dowodem umiłowania piękna Domu Bożego, doceniając wartość tego zabytku jako dobra kultury narodowej. Piękny i szlachetny w swej wymowie wystrój gotycki – ożywia wiarę i pobożność tych, którzy zbierają się tak licznie w świątyni.

Purytańskie poczynania w okresie protestantyzmu nie pozwalają dziś na istnienie muzeum katedralnego, nie i ma też niestety tradycyjnego skarbca. W kruchcie kościoła znajduje się grób drugiego biskupa diecezji, Czesława Domina. Ostatnią modyfikacją architektoniczną było urządzenie nowej kaplicy adoracji Najświętszego Sakramentu, którą pobłogosławił jeszcze poprzedni biskup diecezji, Kazimierz Nycz.
Największym wydarzeniem w historii tej świątyni była niewątpliwie, mająca miejsce 1 czerwca 1991 r., wizyta papieża Jana Pawła II, który modlił się w koszalińskiej katedrze różańcem, a wydarzenie to było transmitowane przez Radio Watykańskie na cały świat.
Wskutek ostatniego remontu na szczycie katedry pojawił się nowy krzyż, który stanął na dużej, złotej kuli. Wcześniej stał na niej stary krzyż i to właśnie w kuli znaleziono niezwykły skarb. Była to miedziana koperta, a w niej miedziane płyty z listami do potomnych. Koperta została wykonana w 1925 roku. Umieszczony w niej niemiecki napis, informował o prowadzonym remoncie dachu. Jedna ze ścianek tej koperty była wykonana z jeszcze starszej, bo wykonanej w 1635 roku, innej pozłacanej tabliczki. Także i ona informowała o remoncie, który przeprowadzono w XVII wieku. Znalezisko zostało odrestaurowane i wróciło do złotej kuli, na której stanął nowy krzyż. Do kuli trafiło też kilka współczesnych dodatków. Są to: tabliczka z wyrytą informacją, kto jest prezydentem Polski, kto prymasem, krótkie informacje o remoncie katedry oraz to, że całość spisano na wieczną rzeczy pamiątkę w roku beatyfikacji Jana Pawła II.
Źródlo