Klasztor został ufundowany w 1629 roku przez Agnieszkę z Tęczyńskich Firlejową (1578-1644), wojewodzinę krakowską, siostrę Jana Tęczyńskiego – ostatniego z rodu. Klasztorny kościół św. Eliasza konsekrowano w 1644 roku. Aż do 1805 klasztor był pustelnią i wierni nie mieli do niego wstępu. Po wyłączeniu kościoła spod klauzury Czerna stała się miejscem kultu św. Rafała Kalinowskiego i Matki Boskiej Szkaplerznej, której obraz znajduje się w kościele.

Klasztor ma plan czworoboku o wymiarach 70x70 m, w centrum którego znajduje się kościół. Do zabudowań przylega cmentarz.

Kompleks znajduje się w Dolinie Eliaszówki i niemal z wszystkich stron otacza go leśny rezerwat przyrody Dolina Eliaszówki. Usytuowany jest na stoku wzgórza o wysokości 430 m n.p.m., porośniętego lasem, który skrywa pozostałości po dawnych zabudowaniach klasztornych. Cały teren o powierzchni 8 ha pierwotnie otoczony był murem o długości 4 km i wysokości 2,5 m, wzniesionym w latach 1640-1672, którego ruiny zachowały się do dziś. Zostało wzniesionych także 12 domków pustelniczych, z których tylko po czterech pozostały ślady. Jeden z nich, zwany pustelnią św. Agnieszki, został odbudowany w 1966 roku. Zachowały się także ruiny Mostu Pustelniczego, zwanego Diabelskim Mostem (1671-1691), z którym wiązane są liczne legendy. Na stoku wzgórza wzniesiono w latach 1986-1990 stacje drogi krzyżowej z rzeźbami Alfreda Kotowskiego.

Studnia, znajdująca się na klasztornym podwórku, została wykuta w litej skale w latach 1644-1651. Jej głębokość wynosi 21,5 m, a średnica 2 m. Studnia obudowana jest późniejszą kopułą, krytą gontem i wspieraną przez osiem kolumn.

Źródło: Licencja: