Opactwo ufundowano w 1179 roku. W 1218 roku papież Honoriusz III wydał bullę protekcyjną dla opactwa. Opactwo szybko się bogaciło na skutek gospodarczo-przemysłowej działalności klasztoru.
W XIII wieku klasztor trzykrotnie najechali Mongołowie (w 1260, 1289), rabując i zabijając braci, a także paląc zabudowę. Bolesław Wstydliwy po zniszczeniach w 1260 r. nadał opactwu nowe dobra i sprowadził z Morimondu nowych cystersów. Biskup krakowski Paweł z Przemankowa ok. 1270 r. konsekrował odbudowany kościół klasztorny.
Pod koniec XV wieku opat Jan Klecisz podwyższył szczyty kościoła i pokrył nowym dachem. W XVI wieku były wprowadzane zmiany przez kolejnych opatów w wystroju kościoła. Wyposażono kościół w dodatkowe, renesansowe ołtarze ozdobione obrazami, ustawiono także renesansowe stalle i organy. W latach 1636-43 po pożarze została przeprowadzona gruntowna przebudowa klasztoru.
W 1656 roku, podczas potopu szwedzkiego i najazdu Siedmiogrodzian księcia Jerzego Rakoczego, kościół został zniszczony. W latach 1656-59 cystersi podjęli ponowną renowację świątyni i klasztoru.
Ok. 1750 roku po otynkowaniu wewnętrznych ścian kościoła ozdobiono je freskami Radwańskiego. Prace snycerko-stolarskie przed rokiem 1740 prowadził warsztat Antoniego Frączkiewicza, nawiązującego do sztuki Baltazara Fontany. Rzeźby do ołtarzy i ambony wykonał mistrz krakowski Wojciech Rojowski. Do nawy północnej dobudowano kaplicę bł. Wincentego Kadłubka.
W 1819 roku, na mocy bulli "Ex imposita Nobis" papieża Piusa VII, zgodnie z dekretem prymasa Franciszka Skarbka-Malczewskiego, Komisja Rządowa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego pod przewodnictwem Stanisława Kostki Potockiego i Stanisława Staszica dokonała kasaty opactwa, a cystersi zmuszeni byli opuścić klasztor, który został opieczętowany i zamknięty. Zakonnicy powrócili do klasztoru dopiero w 1951 roku. W międzyczasie kościół klasztorny zaczął pełnić funkcje kościoła parafialnego w miejsce nieistniejącego obecnie kościoła św. Elżbiety.
źródło:wikipedia