Początki Książnicy Pomorskiej sięgają roku 1905, kiedy w zaadaptowanym gmachu liceum z połowy XIX w. znalazła siedzibę nowo utworzona Biblioteka Miejska Szczecina (Stadtbibliothek). Swój rozwój zawdzięcza dr. Erwinowi Ackerknechtowi, kierującemu nią w latach 1907-1945. Jego olbrzymią zasługą było scalenie cennych księgozbiorów naukowych z terenu dzisiejszego Pomorza Zachodniego. Wśród blisko 200 tys. tomów znalazły się zbiory bibliotek szkolnych, kościelnych, stowarzyszeń i kół naukowych oraz darczyńców ze Szczecina i okolic. Godne wyróżnienia są tu kolekcje Biblioteki Szkoły im. Fryderyka Wilhelma (Friedrich-Wilhelm-Schule), Muzeum Pomorskiego (Pommersches Landesmuseum), bibliotek kościelnych Szczecina, szczecińskiej loży masońskiej "Loge zu den drei Zirkeln" oraz Pomorskiego Towarzystwa Historyczno-Archeologicznego (Die Gesellschaft für Pommersche Geschichte und Altertumskunde).

12 lipca 1945 roku to data wznowienia działalności Biblioteki Miejskiej jako pierwszej polskiej książnicy w zniszczonym Szczecinie. Jej dyrektorem został Edward Kiezeweter. Gmach Biblioteki znajdował się w stanie znacznej dewastacji. Rozpoczęto systematyczne usuwanie skutków działań wojennych, porządkowanie księgozbiorów oraz przejmowanie i zabezpieczanie ocalałych ale rozproszonych zbiorów, m.in.: części księgozbioru Biblioteki Gimnazjum Mariackiego (Marienstifts-Gymnasium) w Szczecinie, w którym znajdowały się pozostałości biblioteki biskupów kamieńskich, biblioteki książąt pomorskich w Szczecinie oraz Biblioteki Gimnazjum im. Petera Groeninga w Stargardzie Szczecińskim (Gymnasium Groeningianum), przechowującej książki z Kościoła Mariackiego w tym mieście.

Przy Książnicy działają: Zarząd Okręgu Stowarzyszenia Bibliotekarzy Polskich oraz powołane w 1989 r. Towarzystwo Przyjaciół Książnicy Pomorskiej, które wspierają Bibliotekę m.in. poprzez finansowanie zakupu cymeliów i zbiorów zabytkowych.