Gotycka, trójnawowa bazylika św. Tomasza Apostoła w Nowym Mieście Lubawskim wznoszona była przez Zakon Krzyżacki, który posiadał prawo patronatu i finansował budowę - etapami - od XIV do XV w. , niektóre elementy nawet w XVI w. Przypuszczalnie najstarsza część prezbiterium powstała ok. 1330 r. - dobudowana do drewnianego kościoła. Jest to część dzisiejszego budynku przylegająca bezpośrednio do południowej ściany zakrystii.
Mury miejskie są zbudowane z analogicznej cegły jak najstarsza część prezbiterium, natomiast bramy miejskie posiadają cegłę identyczną z murami naw kościoła. Po 1325 r. wzniesiono dwa zachodnie przęsła prezbiterium, a do połowy wieku XIV etapowo bazylikowy korpus o niskich ośmiobocznych filarach i profilowanych arkadach międzynawowych.
Bazylika to kościół gotycki - wysokość nawy głównej wynosi 17,7 m, naw bocznych - 7,7 m. Kościół liczy 54m długości i 19 m szerokości. Budowa naw trwała dłużej niż rozbudowa prezbiterium, rozpoczęto ją od strony zachodniej, wznosząc najpierw ściany zewnętrzne – przy budowie ściany północnej i południowej użyto do wysokości 3 m cegły oraz polnych kamieni.
Podstawową formą sklepienia nawy środkowej jest czteroramienna gwiazda na prostokącie zbliżonym do kwadratu z żebrami poprzecznymi w poszczególnych przęsłach, podzielona jeszcze przez trzy promieniście rozchodzące się żebra. Budowa sklepienia nawy środkowej miała miejsce w XVI w. Obie nawy boczne nakryte są sklepieniami krzyżowymi opartymi na skąpo profilowanych wspornikach kamiennych.
Wybitną postacią przełomu XVII i XVIII w. był gorliwy obrońca katolicyzmu proboszcz Jan Ewertowski (1689-1740). Dzięki staraniom proboszcza kościół parafialny w Nowym Mieście przeżywał okres swojej świetności. Gruntownie odnowiony, ze zbudowanym łukiem triumfalnym, nową podłogą wyłożoną płytkami sprowadzonymi z Gdańska oraz z nowymi ołtarzami stanowił jedną z najpiękniejszych świątyń diecezji chełmińskiej. W 1734 r. Jan Ansgard Czapski polecił odnowić napisy przy ołtarzu Działyńskich. Restaurację fresków wykonano w 1843 r.
W 1871 r. została zrekonstruowana strona południowa w głównej nawie. Gruntowną restaurację całego kościoła przeprowadzono w latach 1882-1892. Ponowne odnowienie świątyni odbyło się w latach pięćdziesiątych XX w. W roku 2007 odnowiono ołtarz św. Tomasza Apostoła.
W wnętrzu świątyni zachowały się ścienne malowidła z okresu średniowiecza i baroku, na ścianach prezbiterium nawie głównej i pod chórem muzycznym - to unikat w naszym regionie. Malowidła XVII - wieczne możemy zobaczyć na stropie w prezbiterium i ścianach nawy głównej. Jedna ze scen przedstawia oblężenia Nowego Miasta przez Szwedów w 1628 roku.