Budowa stacji pomp Warniki II zakończyła się w 2005 roku. Obiekt Warniki II powstał w odległości około 1,0 km od stacji pomp Warniki I. Pompownia jest obecnie główną stacją odprowadzającą wody z kanału Stara Warta do rzeki Warta, obiekt Warniki I służy jako wsparcie przy wysokich stanach wody.

Budynek stacji zlokalizowany jest w Kostrzynie nad Odrą (osiedle Warniki), przy prawobrzeżnym wale rzeki Warty. Teren odwadniany stanowi zachodnią część Niziny Warnicko – Gorzowskiej. Południową granicą niziny jest wał rzeki Warty, północną stanowi nasyp kolejowy linii Kostrzyn – Gorzów.