Powstało w 1906 roku, jako gimnazjum, na wniosek ks. Juliana Machlejda. Początkowo do szkoły uczęszczało 200 uczniów. Było szkołą prywatną, prowadzoną przez parafię ewangelicko-ausgsburską w Warszawie. W 1951 r. zostało upaństwowione. Obecnie szkoła znajduje się w czołówce warszawskich liceów.

Budynek szkoły
1906 – 1 września w budynku prywatnej szkoły komercyjnej Edwarda Rontalera przy ul. Kaliksta 8 (dziś Śniadeckich) gimnazjum im. Mikołaja Reja rozpoczyna pierwszy rok nauki.
1913 – Szkoła zostaje przeniesiona do własnego budynku przy pl. Małachowskiego 1, który później był rozbudowywany.
1939 – W pierwszych dniach wojny budynek szkoły zostaje przekazany polskim władzom wojskowym na szpital.
1944 – Podczas powstania warszawskiego budynek szkolny był terenem walk powstańczych. Częściowo opanowany przez Polaków, częściowo przez Niemców, zyskał nazwę „Reduty Reja”, a forma toczonych tam walk nazwana „walkami korytarzowymi”. Po zakończeniu powstania część budynku szkolnego od ulicy Kredytowej do wysokości klatki schodowej została całkowicie zburzona.
1945 – Z inicjatywy ks. kapelana Feliksa Gloeha gimnazjum wznawia naukę w baraku przy ewangelickim kościele garnizonowym przy ul. Puławskiej. Następnie zajęcia przeniesiono do częściowo odbudowanego gmachu szkoły.
1965 – Zakończono rozbudowę budynku szkolnego w kierunku ulicy Królewskiej.
2008 – Przebudowano boisko szkolne.
2011 – Powrót do historycznego adresu szkoły „Plac Stanisława Małachowskiego 1”
2012 – Przeprowadzono generalny remont hali sportowej