Nazwa jaskini pochodzi od znalezionych w niej bogatych szczątków kopalnych i współcześnie żyjących gatunków nietoperzy. Jaskinia Nietoperzowa usytuowana w grupie skał górnej części Doliny Będkowskiej, położona 438 m nad poziomem morza, o długości 326 m, jest jedną z największych jaskiń Jury Krakowsko-Częstochowskiej.
Pisana historia jaskini sięga pierwszej połowy XIX wieku. Już w 1841 roku A. Grabowski po jej zwiedzaniu wspominał o wcześniejszym wybieraniu namuliska używanego jako nawóz. Przemysłową eksploatację prowadził z ramienia Górnośląskiego Urzędu Górniczego O. Grube w latach 1872–1879, co w znacznym stopniu zniszczyło pierwotne osady jaskini. Przypadkiem natrafił on na 4000 kłów niedźwiedzi jaskiniowych.
Pierwsze poszukiwania przeprowadził w roku 1871 hrabia Jan Zawisza, właściciel Doliny Ojcowskiej, znajdując liczne zabytki archeologiczne i kości zwierzęce. W czasie gospodarczej eksploatacji namuliska nadzór archeologiczny sprawował F. Romer, który zebrane zabytki przekazał do muzeum wrocławskiego.
Systematyczne i metodyczne badania archeologiczne zostały podjęte po II wojnie światowej i przeprowadzone przez Waldemara Chmielewskiego w latach 1956–1963. Z punktu widzenia archeologicznego Jaskinia Nietoperzowa znana jest przede wszystkim jako stanowisko górnopaleolityczne datowane na 38 000 lat temu, będące obozowiskiem łowców niedźwiedzia jaskiniowego.
Jaskinia dwa razy stanowiła scenografię filmów fabularnych. Po raz pierwszy w 1995 r. kręcono Legendę o św. Mikołaju. 5 listopada 1997 roku Jerzy Hoffman nakręcił w jaskini scenę do filmu Ogniem i mieczem .