Stacja kolejowa Komańcza jest jedną z trzech - oprócz Szczawnego i Łupkowa - przelotowych stacji na linii. Jest to niewielki posterunek ruchu, posiadający zaledwie 3 tory główne, z których dwa znajdują się przy niskich, ziemnych peronach. Ruch pociągów prowadzony być może przez dwie nastawnie - "Km" i "Km1", które posiadają urządzenia kluczowe z sygnalizacją kształtową. Oprócz torów głównych istnieją też dwa tory boczne, prowadzące do rampy oraz placu ładunkowego.