Kościół i klasztor powstały na miejscu dawnego szpitala św. Ducha, ufundowanego przez Rafała Tarnowskiego, który posiadał prymitywne warunki, odpowiadające ówczesnym czasom. W miarę rozwoju cywilizacji szpital stracił na znaczeniu i w jego miejsce przeworscy właściciele – Antoni Lubomirski, ówczesny wojewoda lubelski, kasztelan krakowski wraz z małżonką Zofią z Korwinów Krasińską – 12 marca 1768 roku ufundowali klasztor SS. Miłosierdzia. Budowa została zakończona w roku 1780 roku, i sprowadzono Siostry Miłosierdzia. Z klasztorem przez lata blisko związany był szpital wraz ze szkołą dla dziewcząt zwaną „U Panien”.
Obecnie w klasztorze siostry prowadzą Dom Specjalny dla Dorosłych, Dom Opieki dla Kobiet prowadzony przez Zrzeszenie „Caritas” oraz przedszkole.
W kościele Matki Bożej Śnieżnej od 23 kwietnia 2006 trwa Wieczysta Adoracja Najświętszego Sakramentu. Jest jedną z trzech świątyń w archidiecezji przemyskiej, gdzie praktykowana jest taka forma kultu eucharystycznego. Piętrowy budynek klasztorny, trójskrzydłowy, połączony jest z kościółkiem. Nad głównym wejściem widnieje tablica informacyjna z 1780 r., a nad nią fresk. We wnętrzu kaplicy z barokowym frontem, znajdują się liczne cenne obrazy pochodzące ze starych przeworskich kościołów m.in. Matki Bożej Śnieżnej i św. Ducha. W kościele tym w głównym ołtarzu mieści się wartościowy, zabytkowy obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem, w sukniach ze srebrnych blach, częściowo pozłacanych. W pokoju gościnnym w klasztorze ozdobę stanowią portrety fundatorów Antoniego Lubomirskiego i Zofii z Korwinów Krasińskiej.