Przepompownia Ołowianka powstała w 1873 roku choć zarys całego i kompleksowego rozwiązania problemu ze ściekami bytowymi z rejonu Śródmieścia w Gdańsku, stworzył Eduard Wiebe (wł. Friedrich Eduard Salomon Wiebe). Ten z początku inżynier kolejnictwa zmienił zainteresowania na inżynierię wodno-ściekową jakże kulejącą w owych czasach a mających przeogromny wpływ na środowisko, komfort życia a nade wszystko zdrowie mieszkańców coraz większych aglomeracji miejskich. Tak więc p. Wiebe przybył do Gdańska i w czerwcu 1863 roku rozpoczął przygotowywanie planu sieci wodno-kanalizacyjnej Gdańska. Jako że była to koncepcja na poły nowatorska i na skomplikowanym obszarze, samo opracowanie planu zajęło kilka lat, przy czym szczegółowe plany były dziełem angielskiego inżyniera, Baldwin'a Latham'a. W końcu w 13 marca 1869 r. podpisano umowę z firmą J.& A.Aird na realizację sieci kanalizacyjno-wodociągowej. Jednym z obiektów tej sieci była przepompownia na wyspie Ołowianka z której przetłaczano ścieki w kierunku Stogów, gdzie wylewano je na 400 ha, pól irygacyjnych.
W roku 2001 dokonano całkowitej przebudowy przepompowni w części technicznej oraz odnowiono obiekt.