Początki budowli sięgają XII w. Mury obecnego kościoła zaczęto wznosić w 1424 r. Ówczesna rada miejska zleciła budowę mistrzowi Piotrowi z Ząbkowic. Według źródeł historycznych budowlę ukończono w 1430 r. W swych dalszych burzliwych dziejach kościół doświadczył licznych pożarów, powodzi, zniszczeń i modernizacji.

Jednak charakterystyczna sylwetka budowli pozostała niezmieniona do dnia dzisiejszego. Po pożarze w 1542 r. przeprowadzono prace naprawcze, m.in. nowe sklepienia sieciowe, nową więźbę oraz pokrycie łupkiem dachu. W XVII i XVIII w. przeprowadzono zgodnie z ówczesną tendencją „barokizacji” kościoła, usunięto przy tym szereg gotyckich ołtarzy, rzeźby i witraże. Zatynkowano również stare malowidła.
W latach 1889 – 95 przeprowadzono gruntowną modernizację kościoła w stylu neogotyckim, dobudowano również kruchtę zachodnią (dzisiejsze wejście główne). Pracami tymi kierował Józef Eberts.
Druga wojna światowa nie oszczędziła kościoła. Ogień zniszczył całkowicie dach, szczyt zachodni, organy i grupę tęczową.
Wyposażenie świątyni uległo częściowej dewastacji. Odbudowa trwała do 1961 r., prace konserwatorskie prowadzone są do dnia dzisiejszego.

źródło :

Do gotyckiego prezbiterium bazyliki św. Jakuba i św. Agnieszki dobudowano od pn.-wsch. barokowe ośmioboczne baptysterium. Budowla powstała w l. 1648-1650, przekryta jest sklepieniem kopulastym i zakończona sześcioboczną latarnią.

Kaplica z fundacji mieszczan nyskich jako miejsce modlitw za zmarłych w epidemiach i poległych. Wejście flankowane przez dwie rycerskie płyty grobowe; dalej dwa epitafia po lewej Henryka Ferdynanda Entzmanna (+ 1708), po prawej kanonika nyskiego Tobiasza Konstatntego Hanckego (+1719). W głębi bogaty ołtarz z figurami świętych patronów Śląska i diecezji wrocławskiej - wielki obraz ukrzyżowania i modlitwy za dusze w czyśćcu cierpiące.

W centrum późnogotycka chrzcielnica z barokowym nakryciem oraz renesansową kratą bogato zdobioną z 1627 r.

W ścianach bocznych, w neogotyckich boazeriach cztery konfesjonały oraz 48 tablicowych malowideł Dankwarta, tzw. katechizm i wyznanie wiary w obrazach.

W krypcie pod Baptysterium płyty nagrobne kapłanów Klemensa Neumanna (+1927) oraz Józefa Kądziołki (+ 1987), pierwszego powojennego proboszcza.