Klasztor ufundowała w 1280 św. Kinga - księżna krakowsko-sandomierska, wdowa po Bolesławie V Wstydliwym oraz właścicielka ziemi sądeckiej. 6 lipca 1280 zrzekła się ona na rzecz klasztoru swoich sądeckich posiadłości: miasta Stary Sącz i 28 wsi i sama została klaryską. Umarła 24 lipca 1292 roku, w klasztorze znajduje się jej grób. Ufundowany przez wspomnianą świętą klasztor, został usytuowany obok układu miejskiego, nad stromym wypiętrzeniem doliny Popradu. Początkowo siedziba sióstr Klarysek, w większej części pobudowana była z drewna, częścią murowaną były tylko dwa frontały i fundamenty.

Zespół klasztorny przebudowany został przez włoskiego muratora Jana de Simoni na początku XVII wieku, nadając tym samym klasztorowi wygląd typowo barokowy. Dzięki temu, klasztor nabył nowego charakteru budowli sakralnej poprzez wplecenie w jego wygląd form manierystyczno-barokowych z dekoracją sgraffitową. Klasztor wzniesiony został na miejscu dawnej, luźnej zabudowy w układzie czworobocznym z wirydarzem usytuowanym w jego środku, mający surowy i ściśle funkcjonalny charakter. 

Zespół klasztorny położony jest na skarpie nad dawnym korytem rzeki Poprad. Otocza go kamienny mur obronny z cylindryczną basztą nakrytą dzwonowatym hełmem. Fragment muru pokrywa dekoracją sgraffitowa. Dziedziniec klasztorny po północnej stronie kościoła, dostępny jest przez przejazd pod czterokondygnacyjną wieżą - dzwonnicą zwieńczoną cebulastym hełmem iglicowym. Na dziedzińcu usytuowany jest d. dom kapelana (później żeńska  szkoła przyklasztorna, ob. Dom św. Kingi - klasztorne muzeum).  Dom sąsiaduje z wzniesioną w XIX w. „nową” szkołą dla dziewcząt. Od południa dziedziniec zamyka kościół, do którego przylega piętrowy klasztor złożony z trzech jednotraktowych skrzydeł z krużgankami wokół wirydarza i czwartego skrzydła w postaci krużganka. W obrębie murów znajduje się także kwaterowy ogród klasztorny założony w 2. poł. XIX w., z włączeniem elementów starszych, dziedziniec gospodarczy ze studnią i budynkami oraz „stara” szkoła dla dziewcząt z 1828 r.