Cerkiew wzniesiono przez władze carskie w latach 1895-99 po gruntownej przebudowie kościoła św. Antoniego i Barbary odkupionego od rodziny Radziwiłłów wraz z całymi dobrami Zegrza na potrzeby budowanej Twierdzy Zegrze. Po odzyskaniu niepodległości w roku 1919 cerkiew wyświęcono i przemianowano na kościół garnizonowy WP w latach 1924-32. W czasie drugiej wojny światowej Wermacht przemianował ją na świątynię ewangelicką. W roku 1944 w wyniku działań wojennych kościół uległ dużym zniszczeniom a po wojnie teren wraz z kościołem przekazano wojsku i mimo sprzeciwu społeczności pogłębiano dalszą dewastacje aż do jej całkowitego zniszczenia w roku 1987 poprzez wysadzenie ruin w powietrze.