Kościół w Baniach wybudowano po 1569 roku. W 1578 r. miał on jeszcze drewnianą wieżę; wieżę z cegieł dobudowano do niego w 1698 r. Była ona dziełem mistrzów: cieśli Pietrzykowskiego i murarza Mörza. W 1581 r. istniała już tu parafia, której proboszcz był nazywany przez tutejszą ludność „litewskim księciem". W kościele nabożeństwo odprawiano w trzech językach: litewskim, polskim i niemieckim. W 1876 r. odrestaurowano wnętrze kościoła. Wczesnobarokowy ołtarz połączony z kazalnicą, miał obrazy z dawnego tryptyku. Niestety, podczas II wojny światowej kościół spłonął. W 1947 r. zamieszkały tu rodziny ukraińskie, przesiedlone po wojnie z terenów południowo-wschodniej Polski w ramach akcji „wisła". W latach 1975-1980 kościół poewangelicki został odbudowany przez ks. Tadeusza Kościuszkę (ówczesnego proboszcza). Kościół pod wezwaniem św. Antoniego Padewskiego funkcjonuje do dziś. Parafia pw. św. Antoniego Padewskiego w Baniach Mazurskich została erygowana kanonicznie w 1962 r.