Projekt kościoła i zespołu klasztornego przedstawiono fundatorom już w 1671 r.
Kościół został ufundowany w 1670 r. przez Michała Kazimierza Radziwiłła i jego żonę Katarzynę z Sobieskich Radziwiłłową. Wystrój jego wnętrza odbiega znacznie od innych kościołów reformackich, jest on znacznie bogatszy. Odpowiada zapotrzebowaniu, prestiżowi, ambicjom i możliwościom materialnym Radziwiłłów.
Murowany kościół został wzniesiony w latach 1672-1684, zapewne według projektu Augustyna Locciego Młodszego, fasada zapewne innego autorstwa. Budową kierował warszawski architekt Andrys Huber. Prace budowlane i wyposażanie kościoła trwało do 1684 r. Kościół konsekrował w 1688 roku pod wezwaniem Matki Bożej Anielskiej biskup kijowski Andrzej Chryzostom Załuski, z którego fundacji w latach 1682-1686 wystawiono siedem ołtarzy wykonanych przez Andrycza Huberta.Ponownie uposażony przez Annę z Sanguszków Radziwiłłową, która także funduje nowe rozbudowane ołtarze według projektu o. Mateusza Osieckiego w 1739 r.W 1788 r. uroczyste sprowadzenie relikwii bł. Pacyfika. Zapewne w pierwszej połowy wieku XVIII budowa murowanego ogrodzenia z malunkami stacji Drogi Krzyżowej w płytkich wnękach, w których w latach 1989-90 umieszczony został zespół tablic pamiątkowych, tzw. Podlaskie Epitafium Żołnierskie.W roku 1836 r. remont kościoła, być może wtedy wykonana została nadbudowa szczytu fasady.
Po kasacie klasztoru w 1867 r. kościół stał się filią kościoła parafialnego św. Anny.W roku 1869 cerkiew unicka.W latach 1875-1915 cerkiew prawosławna; wyposażenie kościoła zostało przeniesione do okolicznych parafii, m in. konfesjonały, ławki, ołtarze Matki Bożej i św. Antoniego, figury świętych Piotra i Pawła, obrazy, monstrancja, pacyfikał oraz ornaty – do sąsiedniego kościoła św. Anny, następnie częściowo przekazane do kościoła farnego w Międzyrzecu Podlaskim; obrazy Drogi Krzyżowej i krucyfiks do Huszczy; jeden ołtarz do Kąkolewnicy, gdzie przerobiony został na dwa ołtarze boczne.Przed fasadą wzniesiona brama-dzwonnica w stylu rusko-bizantyjskim, rozebrana po 1919 r.W 1910 r. przerobiono wieżyczkę sygnaturki.W 1915 r. rekoncyliowany, wówczas powróciły dwa ołtarze i część wyposażenia przechowywanego w kościele św. Anny.Po 1919 r. utworzona parafia wojskowa pod wezwaniem Krzyża Świętego.
Od 1940 r. w kościele został utworzony niemiecki skład amunicji, zniszczona została bramka przed kościołem.W 1944 r. kościół częściowo uszkodzony, zniszczone lub uszkodzone zostało wyposażenie z wyjątkiem ołtarza Matki Bożej, konfesjonału, obrazów i części figur z ołtarza głównego, przeniesionych do kościoła św. Anny. Za