Data rozpoczęcia budowy jest nieznana. Pewne jest, że powstał w 1 połowie XIV w. Nie wiadomo, jak wyglądała pierwotna budowla, która zlokalizowana była we wschodniej części rynku. Już w 1366 kroniki notują pożar ratusza, którego odbudowę dokończono w 1400 roku. Zgodnie ze średniowiecznym zwyczajem parter zajmowały kramy piekarskie, sukiennicze i szewskie, zaś wyższą kondygnację – magistrat miejski. W latach 1549, 1622, 1653, 1654 dokonywano kolejnych przebudów budynku.



W 1744 r. ratusz ponownie spłonął. Odbudowy po tym pożarze były niefortunne. Elewacja zachodnia składała się z trzech niezharmonizowanych ze sobą części. Lewa należała do dobudowanej w XIX w. kordegardy, utrzymanej w pruskim stylu koszarowym z połowy XIX w. Ostatnia przebudowa nastąpiła w końcu XIX wieku. Kolejny raz obiekt spłonął w nocy z 20/21 września 1886 r. Przed spaleniem udało się uratować tylko pochodzącą ze średniowiecza wieżę.

Projektantem nowego ratusza był architekt Ewald Berger, który zatrudniony był wcześniej przy przebudowie pałacu w Bożkowie. Rozwiązania architektoniczne pałacu były inspiracją dla twórcy kłodzkiego ratusza. Budowa nowego gmachu trwała od 1887 do 1890 r., kosztowała miasto 319 tys. marek. Uroczystego otwarcia dokonano 24 września 1890 r. o godz. 17.



Przez pewien czas ratusz był siedzibą muzeum założonego w 1906 r., zajmującego dwa pomieszczenia. W grudniu 1950 r. do pomieszczeń parterowych ratusza zostały przeniesione: Powiatowa Biblioteka Publiczna i Miejska Biblioteka Publiczna (połączone ze sobą w 1955 r.).