Budowę świątyni murowanej zrealizowano w połowie XIV w. w formie trójnawowej, pięcioprzęsłowej hali. Kościół posiada sklepienia gwiaździste z końca XIV w. w nawie głównej i nawach bocznych oraz z XV w. w kaplicach przywieżowych. Wieża kościelna, początkowo niska z nadbudową drewnianą, wybudowana została w ostatnich latach XIV w. i była podwyższana w dwóch kolejnych wiekach. Po pożarze kościoła w 1698 (spłonął dach i wieża) i później wykonanym remoncie na dachu kościoła pojawiła się barokowa sygnaturka, a wieżę kościelną ozdobił hełm zakończony chorągiewką z herbem biskupa Teodora Potockiego. Kościół został rozbudowany w latach 1892-1896, kiedy to od strony wschodniej dobudowano trójnawowe bazylikowe prezbiterium, nową zakrystię i kruchty boczne.
W kościele już w XVI w. było dziewięć ołtarzy. Obecny ołtarz główny pochodzi z pierwszego dwudziestolecia XX w. Ozdobą tego ołtarza jest rokokowa balustrada wykonana przypuszczalnie przez Schmidta z Reszla i posągi dwóch aniołów przypisywane Perwangerowi z Tolkmicka. W zwieńczeniu ołtarza bocznego w zakończeniu nawy południowej znajduje się grupa św. Anny Samotrzeciej z ok. 1500 r. W ołtarzu tym znajduje się obraz MB Śnieżnej z XVII w. zakryty srebrną sukienką. W lidzbarskiej farze z ołtarzy bocznych znajdujących się przy filarach dwa zasługują na uwagę. Ołtarz (przy trzecim filarze od prezbiterium, między nawą środkową, a południową) z XVII w. z obrazem św. Walentego uzdrawiającego chorego – obraz malowany przez Meyera, oraz równoległy ołtarz po stronie północnej św. Michała Archanioła fundowany przez biskupa warmińskiego Szyszkowskiego.
W posadzce kościoła zachowało się ok. 25 znacznie już zatartych płyt nagrobnych. Najcenniejsze z okresu renesansu są wmurowane w ścianę kościoła. Należy do nich mosiężna płyta Hildebranda Ferbera (brata biskupa Ferbera zmarłego w 1530) oraz Krystyny Flaschbinder (matki biskupa warmińskiego Jana Dantyszka zmarłej w 1539). Do późniejszych należą: epitafium Jerzego Szyszkowskiego fundowane w 1641 przez biskupa Szyszkowskiego i płyta nagrobna Tomasza Bagniewskiego fundowaną 1736 przez biskupa Szembeka.
Do najważniejszych zbiorów skarbca lidzbarskiej fary należą:
herma św. Idy z ok. 1420 r. w srebrnej koronie z XX w.
gotyckie kielichy (dwa z XV w. i jeden z XVI w.)
pacyfikał (krzyż) z XVI w. – posiadający stopę i nodus z początków XVIII w., z umieszczonym na nim krzyżem z XVI w.
pacyfikał z XIII w. i stanowiąca komplet XVIII w. monstrancja.