Klasztor oo. Franciszkanów w Brodnicy został ufundowany w 1751 r. przez starostę brodnickiego Józefa Pląskowskiego i jego żonę Rozalię z Czapskich. Ukończony do 1761 r. Pierwotne budynki klasztorne zapewne drewniane, obecnie murowane wzniesione po pożarze w 1769 r. Po kasacie zakonu w 1831 r. kościół zamieniono na cmentarny a klasztor w 1839 r. na więzienie. Dopiero po 1945 r. kościół i klasztor ponownie objęli franciszkanie odnawiając cały zespół w latach 1950-52 i 1964-66. Kościół p.w. Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny, barokowy, jednonawowy z orientowanym i prosto zamkniętym prezbiterium (za ołtarzem głównym wydzielona zakrystia a nad nią na piętrze chór zakonny). Wnętrze kryte sklepieniem kolebkowym z lutenami - gdzie okna zamknięte półkoliście. Łuk tęczowy wydzielony szerokim gurtem a ściany stylizowanymi filarami. Chór muzyczny wsparty na trzech arkadach wydzielonych półkoliście. Wyposażenie jednolite rokokowe z 1761 r. W prezbiterium z boku na ścianach obrazy: barokowy Matki Boskiej Królowej Aniołów w malowanej ramie z ornamentem roślinnym i puttami, barokowy (ok. połowy XVII w.), oraz naprzeciw obraz barokowy - Drzewo genealogiczne św. Franciszka (w. XVIII), ufundowany przez Marcina Lasockiego kasztelana sochaczewskiego. Pod obrazem Matki Boskiej Królowej Aniołów marmurowe epitafium fundatora Józefa Pląskowskiego (zm. w 1773 r.) i jego żony Rozalii ur. Czapskiej (zm. w 1755 r.) ufundowane w 1791 roku przez ich syna, ks. Andrzeja Pląskowskiego kanonika chełmińskiego i warmińskiego. Na ścianach bocznych kościoła odkryte niedawno tzw. zacheuszki - malowidła ścienne w miejscach poświęcenia kościoła, z emblematami franciszkańskimi skrzyżowanych dłoni.
Klasztor - o skromnych cechach barokowych, piętrowy, przylegający od zachodu do kościoła. Wzniesiony z cegły na rzucie prostokąta z czworobocznym wewnętrznym wirydażem, wokół którego w skrzydłach korytarz z wejściami do cel i pomieszczeń. Wnętrze sklepione kolebkowo - krzyżowo (parter) oraz kolebką z lunetami (I piętro). Dachy cztero- i dwuspadowe kryte dachówką. Obrazy św. Antoniego Padewskiego i utrzymany w tradycjach rokokowych krucyfiks z ok. 1770.
Dekretem ministra prowincjalnego Prowincji św. Franciszka z Asyżu w Polsce, o. dra Hipolita Lipińskiego, świątynia z dniem 13 czerwca 1996 r. uzyskała tytuł Sanktuarium św. Antoniego Padewskiego. ; zob. też