Fundamenty pod ten kościół położył w 1877 ks. Józef Stolarczyk. Świątynię wznoszono powoli i mozolnie z górskiego, twardego kamienia w latach 1879 -1896, dzięki ofiarności parafian i właściciela dóbr zakopiańskich hrabiego Władysława Zamoyskiego. Nowy kościół parafialny pod wezwaniem Świętej Rodziny został konsekrowany 16 września 1899 r. przez biskupa krakowskiego Jana Puzynę.

Kościół zbudowany jest w stylu neoromańskim. Wnętrze natomiast jest mieszanką stylów neoromańskiego, stylu zakopiańskiego Stanisława Witkiewicza, oraz tzw. sposobu zakopiańskiego. Polichromię kościoła malował Janusz Kotarbiński. Ołtarz główny jest dziełem Kazimierza Wakulskiego. Jedynym elementem wykonanym całkowicie w stylu zakopiańskim jest przylegająca do świątyni kaplica św. Jana Chrzciciela.

W latach 1935 - 1941 wikariuszem parafii był m.in. bł. ks. Piotr Dańkowski, męczennik II wojny światowej.

7 czerwca 1997 kościół św. Rodziny odwiedził Jan Paweł II i spotkał się z dziećmi pierwszokomunijnymi z Zakopanego. Wizyta Ojca Świętego poprzedzona została gruntowną renowacją świątyni.
Źródło Wikipedia.