Kościół parafialny pod wezwaniem Świętych Apostołów Szymona i Judy Tadeusza został wzniesiony w latach 1323-1349 przez biskupa chełmińskiego Ottona. Wówczas była to jednonawowa świątynia, kamienno-ceglana, kryta dwuspadowym dachem z trójbocznie zamkniętym prezbiterium i dobudowaną od południa zakrystią. Do naszych czasów obiekt nie dotrwał w niezmienionej formie. Reliktem tamtego okresu są istniejące do dziś ściany prezbiterium, pozbawione całkowicie detalu architektonicznego.
Przełomowym momentem w dziejach wąbrzeskiej świątyni był rok 1700 r., gdy w wyniku pożaru została ona niemal w całości zniszczona wraz z wieloma elementami wyposażenia. Odbudowę fary przeprowadzono staraniem biskupa Teodora Potockiego jeszcze w tym samym roku, przy wykorzystaniu materiału pozyskiwanego z Góry Zamkowej. Z tej okazji na wieży zawieszono dzwon odlany przez Michaela Wittwercka, zdobiony herbem Pilawa, a na ołtarzu ustawiono nową wieczną lampę. Przy kościele działał niewielki, ale dobrze wyposażony szpital-przytułek dla chorych i osób bezdomnych, prowadzony przez Bractwo Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Marii Panny. W 1779 r. do nawy fary dobudowano od zachodu niewysoką wieżę fundacji mieszczańskiej, a w latach 1871-1881 całość gruntownie odnowiono. Jednak największe zmiany wprowadzono podczas przebudowy w 1902 r. Powstał wówczas trójnawowy, trójprzęsłowy korpus, poprzedzony podwyższoną, czteroboczną trójkondygnacyjną wieżą zwieńczoną namiotowym dachem i trójbocznie zakończonymi ramionami transeptu. Nawa główna nakryta została dachem dwuspadowym, a nawy boczne trzema osobnymi dachami trójspadowymi. 5 lipca 1903 r. konsekracji nowego kościoła dokonał biskup chełmiński Augustyn Rosentreter.
W 1928 r. z inicjatywy Towarzystwa Gimnastycznego „Sokół” w zewnętrzną ścianę prezbiterium wmurowano płytę z wyrytymi nazwiskami mieszkańców Wąbrzeźna poległych w bitwach pierwszej wojny światowej i w wojnie polsko-bolszewickiej w 1920 r.
Działania wojenne w latach 1939-1945 szczęśliwie nie uszkodziły zabudowań kościelnych, zrabowane zostały jednak niemal wszystkie starsze księgi parafialne oraz trzy dzwony. Po wojnie ku czci poległych parafian obok kościoła wzniesiony został pomnik Chrystusa Warszawskiego.

Źródło: