W 1887 roku, kiedy na Stolicy Biskupiej zasiadał Leon XIII, a Arcybiskupem Krakowa był Albin kard. Dunajewski, w roku koronacji obrazu Najświętszej Maryi Panny Kalwaryjskiej z inicjatywy Rady Miejskiej na czele z ówczesnym burmistrzem Józefem Kosowskim zawiązał się Komitet Budowy kościoła św. Józefa, który rozpoczął zbiórkę pieniędzy od 1120 mieszkańców oraz od pątników.
W tym samym roku uczyniono plany przyszłego kościoła. 28.05.1902 roku otrzymano zezwolenie władz centralnych na rozpoczęcie budowy. 17 czerwca 1902 roku rozpoczęto kopanie fundamentów, natomiast 29 lipca 1902 roku wmurowano kamień węgielny. Budowa trwała 6 lat i w dzień św. Józefa 19.03.1908 roku dokonano poświęcenia świątyni kalwaryjskiej. Poświęcenia dokonał proboszcz parafii św. Michała Archanioła w Zebrzydowicach (parafia macierzysta) ks. Józef Nieć. Kościół umieszczono przy drodze głównej prowadzącej z Krakowa do Wadowic i Bielska-Białej (dzisiaj droga krajowa) i centralnym miejscu miasta Kalwaria Zebrzydowska na tzw. Rynku.