Dokumenty poświadczają, iż w 1872 roku w Borowym Młynie funkcjonowała szkoła o charakterze wyznaniowym.
W 1825 roku wprowadzono powszechny obowiązek uczęszczania dzieci do szkoły w wieku od 6 do 14 lat. W placówce pracowało wówczas trzech nauczycieli. Uczono pisania i czytania w języku polskim i niemieckim, rachunków, historii biblijnej, śpiewu, wiadomości praktycznych z przyrody i gospodarstwa.
Na początku lat siedemdziesiątych ubiegłego stulecia władze pruskie stopniowo ograniczały, a później usuwały język polski za szkół, realizując proces germanizacji. W domach mówiono po kaszubsku, w szkole uczono po niemiecku. Pod koniec XIX wieku, do szkoły uczęszczało 130 dzieci wyznania katolickiego i ok. 30 ewangelickiego, z Borowego Młyna i okolic.
Po wybuchu II wojny światowej nauka w szkole została przerwana. Po kilku miesiącach władze niemieckie wznowiły zajęcia - niemieckiej szkoły powszechnej - z nauczaniem rachunków, pisania, czytania, rysowania, przyrody, religii i zajęć sportowych. W tej formie szkoła przetrwała do początku 1945 roku.
W związku z trudnościami lat powojennych szkoła liczyła początkowo 4 oddziały, potem 5 i 6, a od roku 1948/49 do 1965/66 była placówką siedmioklasową. W roku 1963 podjęto działania zmierzające do rozbudowy szkoły, co w roku szkolnym 1966/1967 pozwoliło na wprowadzenie klasy ósmej oraz wydatnie poprawiło warunki nauczania i pracy nauczycieli. Uczniowie korzystali z jasnych, przestronnych sal i dwóch dużych holów. Zajęcia odbywały się również w starej części szkoły. W roku 1992/1993 rozpoczęto budowę pełnowymiarowego boiska szkolnego jak i również podjęto starania o budowę sali gimnastycznej.
Po wprowadzeniu reformy szkolnictwa, dotychczasową ośmioklasową Szkołę Podstawową, przekształcono w Zespół Szkół w ramach, którego funkcjonuje przedszkole, sześcioklasowa szkoła podstawowa oraz trzyklasowe gimnazjum.
Obecnie Zespół Szkół w Borowym Młynie jest dobrze wyposażoną placówką dysponującą 12 salami dydaktycznymi, kuchnią spełniającą wszelkie wymogi sanitarne, biblioteką i świetlicą. Szkoła posiada boisko szkolne, salę gimnastyczną z dużą ilością sprzętu sportowego i siłownię. Uczniowie mają do dyspozycji sprzęt audiowizualny i pracownię komputerową (10 stanowisk) z dostępem do internetu.
Położenie geograficzne, walory turystyczne gminy Lipnica i Borowego Młyna, wyposażenie placówki, czyste powietrze i okoliczne wody jezior sprawiają, że szkoła jest doskonałą placówką oferującą kolonialny wypoczynek letni dla dzieci i młodzieży z miast oraz obozów sportowych.

Opracował mgr Mirosław Bukowski