Parafię wawrzyszewską powołano w 1542. Kościół powstał w latach 1543-8 z fundacji lekarza króla Zygmunta Augusta, Baltazara Smosarskiego. W następnych latach kościół i jego bezpośrednie otoczenie było cały czas rozbudowywane. Początkowo konstrukcja kościoła była drewniana, lecz stopniowo uzupełniano ją elementami murowanymi. Najstarszym z nich jest romańska absyda. W ciągu XIX wieku dobudowano kruchtę (1830) i zakrystię (1870). Za czasów ks. Dionizego Tarnowskiego nastąpiło wzmocnienie fundamentów i otynkowanie zewnętrznych ścian. W 1826 roku ks. Dionizy Tarnowski wzniósł plebanię oraz obudował teren kościoła kamiennym murem. W latach 1959-1960 przeszedł gruntowny remont. Wtedy to zmieniono sygnaturę z gotyckiej na barokową, pokryto dach nową dachówką staro-rzymską, absydzie przywrócono pierwotny kształt, kościół został otynkowany z zewnątrz.

Ostatni gruntowny remont kościoła i jego otoczenia został wykonany w 2002 r..