Historia
Od roku 1553 kupiec i bankier królewski Izrael Isserles Auerbach starał się u króla Zygmunta II Augusta o zezwolenie na adaptację własnego domu na synagogę. Zgoda wydana została w roku 1556. Wkrótce jednak, w 1557 roku, pożar zniszczył znaczącą część miasta żydowskiego wraz z drewnianą wówczas synagogą.
Ponownie zezwolenie króla było konieczne do budowy, wówczas już murowanej, synagogi i po jego uzyskaniu prace budowlane ruszyły w 1558 roku, kierowane prawdopodobnie przez krakowskiego architekta Stanisława Baranka. Sądząc z niewielkich rozmiarów tej budowli, służyła ona prawdopodobnie jako dom modlitwy dla wąskiego kręgu rodziny i przyjaciół fundatora. XVII i XVIII wiek przyniosły kolejne przebudowy, obejmujące również drewniane i murowane przybudówki.
Znaczące zmiany w konstrukcji przyniosła w 1829 roku przebudowa kierowana przez architekta Augusta Pluszyńskiego. Podwyższono wówczas, pierwotnie obniżoną w stosunku do ulicy, główną salę modlitewną oraz nakryto ją nowym, drewnianym sklepieniem kolebkowym w miejsce dawnego, murowanego. Na miejscu drewnianych przybudówek od strony północnej postawiono murowane konstrukcje, dobudowano także babiniec od strony zachodniej, połączony z salą główną dwiema prostokątnymi arkadami. Pierwotnie sala ta prawdopodobnie znajdowała się nad przedsionkiem od strony północnej. Półkoliste okna znalazły się również na wschodniej i zachodniej ścianie budynku. Taki kształt synagoga zachowała do dnia dzisiejszego.
W 1882 roku w ramach prac budowlanych usunięto od strony północnej drewniany ganek i schody prowadzące na piętro, które zastąpiono metalowymi. Ostatnie przedwojenne prace prowadzone były w roku 1933 pod kierownictwem architekta Hermana Gutmana. Dokonano wielu prac konserwacyjnych, zabezpieczono fundamenty i zadaszenie sali mężczyzn, odnowiono salę kobiet, wymieniono konstrukcję dachu.
Podczas II wojny światowej synagoga została znacznie zdewastowana, większość wyposażenia została wywieziona lub zniszczona, a metalowa, kuta bima prawdopodobnie przetopiona do wykorzystania w przemyśle wojskowym. Od tego czasu znajdował się w niej magazyn impregnowanych worków na zwłoki, a w babińcu magazyn sprzętu pożarniczego.
Po zakończeniu wojny, w 1945 roku, synagogę prowizorycznie zabezpieczono i ponownie otwarto dla kultu religijnego, mimo iż w babińcu nadal znajdował się magazyn straży pożarnej. W latach 1958–1968 z inicjatywy Kongregacji Wyznania Mojżeszowego w Krakowie oraz władz miejskich, wspartych dotacją międzynarodowej organizacji pomocy Żydom American Jewish Joint Distribution Committee, dokonano gruntownych prac konserwatorskich. Kierowana przez architekta Stefana Świszczowskiego renowacja obejmowała nowe pokrycie dachów, odwodnienie murów, odnowienie tynków, rekonstrukcję bimy na podstawie przedwojennych zdjęć, konserwację aron ha-kodesz, skarbony oraz tablicy pamiątkowej. Uzupełniono także brakujące wyposażenie synagogi. Obecnie również od czasu do czasu prowadzone są prace renowacyjne wnętrza synagogi.

W 1968 roku synagogę odwiedził kardynał Karol Wojtyła[1], a 1992 roku prezydent Izraela, Chaim Herzog. Obecnie synagoga jest jedynym żydowskim domem modlitwy w Krakowie, w którym regularnie odbywają się nabożeństwa, w porach zgodnych z tradycją. Jednak nie odbywają się one codziennie, tylko we wszystkie szabaty, święta i na specjalne okazje. Od 2006 roku rabinem synagogi jest Boaz Pash.
Dnia 31 lipca 1996 roku miało miejsce uroczyste przekazanie, odnalezionych po latach, zwojów Tory synagodze Remu przez katolicko-żydowską organizację „Rfaayenu Society”. Po raz pierwszy do udziału w tej ceremonii zaproszeni zostali chrześcijanie, którzy dostąpili zaszczytu niesienia baldachimu nad Torą[2]. W czerwcu 2002 roku podczas wizyty w Krakowie, książę Karol Mountbatten-Windsor odwiedził synagogę i spotkał się z krakowską społecznością żydowską.
W 2008 roku rozpoczęto wzmacnianie konstrukcji budynku. W trakcie tych prac pod salą modlitewną natrafiono na zasypaną gotycką piwnicę wraz z prowadzącym do niej portalem. Jest to zapewne pozostałość średniowiecznej zabudowy Kazimierza sprzed założenia w tym miejscu miasta żydowskiego. Równocześnie z pracami konstrukcyjnymi w latach 2009–2012 odkryto i zakonserwowano polichromię w babińcu i sali modlitewnej. Najstarsze partie odnalezionych malowideł na północnej ścianie sali modlitewnej pochodzą z XVII wieku. Od 2011 roku trwają prace zabezpieczające w odkrytej piwnicy. Prowadzona w latach 2008–2013 odnowa synagogi Remu współfinansowana była przez Społeczny Komitet Odnowy Zabytków Krakowa, który udzielił na ten cel dotacji z Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zabytków Krakowa o łącznej wartości 3.164.957,56 zł.