Cmentarz znajduje się w trudno dostępnym miejscu między nasypami torów kolejowych biegnących między Rondem Starzyńskiego a ulicą Odrowąża na wysokości basenów przy ulicy Namysłowskiej.

Starszy cmentarz epidemiczny istniał co prawda na Golędzinowie jednak z powodu małej powierzchni i wybuchu kolejnej epidemii cholery zabrakło na nim miejsca.

Nowy cmentarz, którego projektantem był inż. Henryk Sumiński został otwarty 16 listopada 1872 roku jako miejsce pochówku ok. 500 zmarłych na epidemię cholery, która nawiedziła Pragę w latach 1872-1873.

Początkowo opiekę nad cmentarzem sprawował Cezary Skoryna, właściciel fabryki kamieni i maszyn młyńskich przy ul. Olszowej na Pradze.

19 stycznia 1874 r. cmentarz przejęło miasto. Pan Skoryna, który nadal poczuwał się do opieki nad nekropolią wynajął stróża, pana Przepiórkę, który wraz z żoną zamieszkał w domku przy cmentarzu. Za wynagrodzenie 20 rubli obsadzał cmentarz drzewkami i pilnował nagrobków, których w 1876 r. było 55.

Skoryna zabiegał również o doprowadzenie drogi do cmentarza, gdyż w 1874 r. rozpoczęto prace przy budowie kolei obwodowej i nadwiślańskiej (kowelskiej), całkowicie odcinającej cmentarz od "cywilizacji". Ostatni pochówek choleryczny miał miejsce 8 stycznia 1883 roku. Od 1876 do 1882 roku z rozkazu władz wojskowych pochowano tu też siedmiu żołnierzy „bałwochwalców”, czyli praktykujących wierzenia pogańskie. Ogółem na cmentarzu pochować miano 484 choleryków i 7 wspomnianych żołnierzy. Po tym ostatnim pochówku cmentarz pozbawiony opieki stopniowo zarastał.

W 1908 roku podczas prowadzonych na szeroką skalę prac ziemnych związanych z przebudową węzła kolejowego odkryto ludzkie szkielety...

Jak donosił wówczas reporter jednej z gazet, nie spodziewano się całego cmentarzyska. „Pierwsze kości poszły wraz z ziemią pod wał nasypowy. Teraz dopiero dzisiętnik pilnuje, aby zbierać każdą kostkę i do dołu zanosić. Kopacze mają już wprawę w określaniu dokładnem miejsca mogiły. Co chwila łopata natrafia na wieko trumny, na żółtym piasku leżą już sute piramidy z piszczeli i czaszek ludzkich.”

Zebrane szczątki złożono we wspólnej mogile ok. 100 metrów na wschód od terenu właściwego cmentarza. Ustawiono ceglany mur, bez żadnego wejścia, w środku zaś na podwyższeniu postawiono krzyż kamienny wg projektu inż. Lubickiego z inskrypcją o treści: Tu spoczywają szczątki 478 ofiar zarazy cholerycznej z lat 1872-1873 zebrane pod wspólną mogiłą po zniszczeniu cmentarza cholerycznego podczas budowy węzła kolejowego w 1908 r.

Po zakończeniu wszystkich prac cmentarz poświęcono 24 lipca 1910 r.

W latach okupacji a następnie we współczesnych nam latach cmentarz stał się totalną ruiną, miejscem zbiórki poszukiwaczy złomu i niestety wandali.

Od 2005 r. teren cmentarza został oczyszczony przez grupę zapaleńców, a sama mogiła została wybetonowana aby zapobiec wykopywaniu szczątek ludzkich.

W 2007 r. rozpoczęły się roboty modernizacji linii kolejowej nr 9 Warszawa - Gdańsk. W trakcie robót ziemnych pod budowę nowego toru, po wycięciu krzaków, widocznym stał się teren cmentarza, zrujnowany mur cmentarny i szczątki kamiennego pomnika.

W 2009 r. z inicjatywy Przedsiębiorstwa Napraw Infrastruktury Sp. z o.o. z siedzibą w Warszawie - Zakład Mazowiecki podjęto zbiorowy trud uratowania cmentarza od ostatecznej zagłady.

W marcu 2009 r. 24 firmy (organizatorzy, wykonawcy robót, dostawcy materiałów, spółki kolejowe) biorące udział w modernizacji linii kolejowej Warszawa-Gdańsk na odcinku Warszawa Wschodnia Osobowa - Legionowo i st. Nasielsk, podpisały list intencyjny w sprawie rewaloryzacji cmentarza.

Do tego grona dołączyło kolejnych 20 firm - w tym także nie związanych bezpośrednio z prowadzoną modernizacją linii kolejowej.

Pozyskano do współpracy także władze dzielnicy, Stołecznego Konserwatora Zabytków, Muzeum Warszawskiej Pragi, Towarzystwo Opieki nad Zabytkami, spółki przewozowe PKP INTERCITY, PKP CARGO, KOLEJE MAZOWIECKIE a także Policję, Straż Miejską i Służbę Ochrony Kolei.

Podczas prac został odtworzony wg projektu Andrzeja Bernera kamienny pomnik. Zrekonstruowano również otaczający go ceglany mur. Wzmocnione zostały także fundamenty grobu, wycięto dziką roślinność, zaburzającą pierwotny układ drzew na terenie cmentarza i zagrażającą zabytkowym murom. Mogiłę otoczono parkanem dodatkowo zabezpieczającym ją przed dewastacją oraz uniemożliwiającą dostęp osób postronnych. Zadanie to wykonał Krzysztof Warzocha.

Koordynatorem wszystkich prac oraz współorganizatorem przedsięwzięcia był Pan Waldemar Matejak.

W dniu 20 maja 2010 r. w Warszawie odrestaurowany cmentarz został przekazany władzom PKP PLK S.A.

Dla poprawy bezpieczeństwa obiekt jest monitorowany. Zainstalowano również pod koniec 2010 roku dwie lampy zasilane energią słoneczną.

Łączny koszt odbudowy cmentarza wyniósł około 180 tys. Niestety nadal nie prowadzi do niego żadne dogodne dojście. Nie został również wpisany do rejestru zabytków a co gorsze nadal nie ma prawnego opiekuna.