Katedra, szczyci się posiadaniem cennych, zabytkowych dzwonów. Są one zawieszone na murowanej dzwonnicy wybudowanej w latach 1760-75, według projektu Jerzego de Kawe.
Dzwony te stanowiły zdobycz wojenną toczonej zwycięskiej wojny z Moskwą pod wodzą hetmana. Zostały przewiezione drogą morską przez Rygę i Gdańsk i ofiarowane kolegiacie. Największy z nich, zawieszony na drewnianej, prowizorycznej dzwonnicy, podczas groźnego pożaru miasta uległ uszkodzeniu i stopił się. Został ponownie odlany z fundacji Jana Sobiepana Zamoyskiego przez lubelskiego ludwisarza Mikołaja de La Marche, z dużą domieszką srebra hojnie złożonego, w 1662 r. Według łacińskiego napisu, poświęcony został Maryi Pannie, św. Tomaszowi, św. Janowi Chrzcicielowi i św. Janowi Ewangeliście. Od dwóch ostatnich imion patronów fundatora nazwany został „JANEM”. Należy do największych polskich dzwonów. Waży ok. 4200 kg, ma 160 cm wysokości.
Drugim dzwonem katedralnym jest „TOMASZ” ufundowany przez ordynata Tomasza Józefa Zamoyskiego w 1721 r., odlany przez ludwisarza gdańskiego Beniamina Witwercka. Waży ok. 1200 kg i ma 105 cm wysokości. Najmniejszym dzwonem jest „WAWRZYNIEC” ufundowany przez ks. Wawrzyńca Sikorskiego w 1775 r. Waży niespełna 200 kg i ma 56 cm.
Historia tych dzwonów w czasie ostatniej wojny została wpisana w piękną działalność Państwa Podziemnego i Armii Krajowej. Niemcy dla potrzeb przemysłu wojennego konfiskowali w całym kraju kościelne dzwony. Na Zamojszczyźnie kolejne parafie pod groźbą brutalnych represji oddawały swe dzwony. Zamojskie dzwony postanowiono ratować za wszelką cenę. Starania o ich pozostawienie czynione nawet w Krakowie u generalnego gubernatora Franka nie dały rezultatu. Wtedy wywiad Armii Krajowej postanowił zadziałać w inny sposób. W Urzędzie Miejskim w Zamościu burmistrzem był Otto Werner, przedwojenny profesor języka niemieckiego w Gimnazjum Zamojskim, oprócz Niemców pracowali tam także Polacy. Byli wśród nich: Tadeusz Zaremba, pseudonim „Zaremba” i Adam Gustaw, pseudonim „Mada”, obaj oficerowie wywiadu. Mogli oni śledzić każdą działalność cywilnych władz niemieckich i meldować o nich szefowi wywiadu, którym był Marian Krzewski, kierownik stacji benzynowej przy zamojskim ZOO.
Niemcy, planując pełną germanizację Zamojszczyzny i zmianę nazwy na „Himmlerstadt”, tworzyli w związku z tym różne ośrodki badawcze. Sprawami techniczno-budowlanymi zajmowała się grupa Niemców, na czele której stał architekt Gutbier. Miał on za zadanie opracować plan przebudowy centrum Zamościa i przygotować budynki do zamieszkania przez rodziny funkcjonariuszy niemieckich, a także udowadniać, że budowa miasta była wzorem architektury włoskiej, ale i niemieckiej. Z tego powodu Gutbier przychodził często do Tadeusza Zaremby, który był kierownikiem Wydziału Technicznego. Okupanci, czując się panami Zamościa, przystąpili do rozbiórki masywnego, barokowego, metalowego ogrodzenia kolegiaty. Po rozbiórce ogrodzenia dzwony na wieży miały być pocięte i wywiezione.
Dla ratowania dzwonów użyto podstępnego działania: Tadeusz Zaremba powiadomił Gutbiera, że dzwony są niemieckie, są na to dowody i szkoda je niszczyć. Obecny przy tym Adam Gustaw powiedział Gutbierowi, że był na wieży kościelnej i wykonał na wstęgach papieru odpisy napisów niemieckich, jakie te dzwony posiadają. Gutbier wstęgi fachowo zrobione długo oglądał, zadowolony, że posiada dowód istnienia kultury niemieckiej w zabytkowym mieście i zabrał je ze sobą. Wstęgi te wykonał na innych, prawdziwie niemieckich dzwonach Dominik Szajner, pseudonim „Looping”, również oficer wywiadu.
Przed pokazaniem Gutbierowi rzekomych dowodów niemieckości dzwonów z kościelnym kolegiaty Władysławem Klimkiem uzgodniono, że gdyby Niemcy zażądali kluczy od zamkniętej dzwonnicy i chcieli sprawdzić napisy na dzwonach, ma natychmiast o tym powiadomić Adama Gustawa w Ratuszu, aby mógł uciec z Zamościa jako „spalony”. Gutbier jednak kluczy nie zażądał i napisów nie sprawdzał. Po kilku dniach oświadczył, że sprawę załatwił i dzwony pozostaną. Według relacji ówczesnego administratora parafii ks. Władysława Forkiewicza, bicie „niemieckich” dzwonów miało uświetniać uroczysty wjazd Himmlera do „swego” miasta.

autor : ks. Jacek Żórawski w