W 1935 r. w Starogardzie Gdańskim aptekarz Kurt Boskamp założył Fabrykę Chemiczno-Farmaceutyczną Polpharma. Podczas II wojny światowej, w czasie walk o wyzwolenie Pomorza zakład uległ dotkliwemu zniszczeniu.
W latach 1945-1949 zburzone budynki zostały odbudowane. Pierwszym preparatem, którego produkcję uruchomiono po wojnie była woda redestylowana w ampułkach.
W 1951 r. Polpharma została przekształcona w Starogardzkie Zakłady Farmaceutyczne, a osiem lat później włączona w skład Zjednoczenia Przemysłu Farmaceutycznego „Polfa”. Do swojej historycznej nazwy firma powróciła 1 grudnia 1995 r., kiedy przekształcono ją w jednoosobową spółkę Skarbu Państwa pod marką Polpharma SA.
20 lipca 2000 r. firma została sprywatyzowana przy udziale wyłącznie polskiego kapitału. Prywatyzacja zapoczątkowała restrukturyzację Polpharmy, modernizację infrastruktury, a także znaczące inwestycje w rozwój oraz sprzedaż i marketing, które przyczyniły się do umocnienia wiodącej pozycji firmy na rynku polskim oraz ekspansji na rynkach międzynarodowych w kolejnych latach.