Joannitom przypisuje się wzniesienie na miejscu dawnego grodu murowanego zamku. Niestety nie wiadomo jak wyglądał XIV wieczny zamek w Kostrzynie. W zachowanych dokumentach nazywany jest „ fastes Haus”, czyli murowany dom.
Około roku 1402 Nową Marchię za sumę 1300 kop groszy kupuje Zakon Krzyżacki. W celu zabezpieczenia zachodniej granicy nowych ziem, Krzyżacy rozbudowali siedzibę joannitów znacznie zwiększając jej walory obronne. Zamek ochraniał przeprawę przez rzekę oraz komorę celną i jednocześnie był przeciwwagą dla warowni joannitów w Słońsku. Początkowo zamek krzyżacki składał się z dwukondygnacyjnego domu mieszkalnego o wymiarach 33,5x8m, usytuowanego równoległe do rzeki Odry. Od południa przylegała do niego wieża główna, której mury w przyziemiu miały grubość 3m. W połowie XV wieku wzniesione zostało nowe płn-zach skrzydło z powodu umiejscowienia w nim kaplicy zwane „kościelnym”. Miało plan prostokąta o wymiarach 43x11,5m i trzy kondygnacje. Od strony dziedzińca posiadało klatkę schodową w formie wieży. W tym okresie o jedną kondygnacje podwyższono także stare skrzydło nadodrzańskie. Całość otaczał mur z narożnymi wieżyczkami i nawodniona fosa, a wjazd do zamku prowadził od wschodu. Dodatkowymi walorami obronnymi, prócz dwóch szerokich rzek, były okalające Kostrzyn z pozostałych stron nadrzeczne bagna i mokradła. Prawdopodobnie obok zamku istniała również wolnostojąca wieża, której zadaniem była ochrona i kontrola ruchu na moście przez Odrę.
W roku 1455 Kostrzyn ponownie stał się własnością margrabiów brandenburskich. Rządzący Nową Marchią w połowie XVI wieku, margrabia Jan zwany później z Kostrzyna, rozbudował krzyżacki zamek. Obiekt przekształcono w renesansową rezydencję złożoną z trzech skrzydeł na planie nieregularnego czworoboku o wymiarach 64x52m. Wszystkie skrzydła były podpiwniczone posiadały trzy kondygnacje i nakryte były dwuspadowymi dachami. Każde posiadało od strony dziedzińca własną krętą klatkę schodową, umieszczoną w dostawionej do elewacji wieżyczce. Dodatkowo skrzydło nadodrzańskie i kościelne posiadały krużganki. W narożnikach zamkowych skrzydeł znajdowały się cztery cylindryczne wieże. Fasady zamku pokryto malowidłami ściennymi sgraffito, przedstawiającymi sceny mitologiczne. Także zamkowe wnętrza otrzymały bogatą wystrój i ozdobna kamieniarkę. Około roku 1600 z inicjatywy elektora Joachima Fryderyka, w miejsce muru kurtynowego wzniesiono czwarte płd-wsch skrzydło. Powstał w ten sposób wewnętrzny dziedziniec, który ozdobiono kamiennymi portalami z terakoty. Przebudowana została wieża główna stojąca w narożniku południowym. Nadano jej ośmioboczny kształt i zwieńczono hełmem stożkowym. Zamek połączono z kościołem krytym gankiem przerzuconym nad fosą, wspierającym się na dwóch murowanych filarach. W tym samym czasie całe miasto otoczono bastionowymi fortyfikacjami przekształcając je w warowną twierdzę. Decyzja ta na prawie dwa wieki ograniczyła możliwości przestrzennego rozwoju Kostrzyna.
W roku 1613 elektor brandenburski Jan Zygmunt zgodnie ze swym wyznaniem przemianował zamkową kaplicę na kalwińską, a w 1627 część zamkowych pomieszczeń zaadaptował na szkołę kalwińską. Trwająca w latach 1618-48 wojna trzydziestoletnia spowodowała znaczny upadek miasta. Zniszczony zamek odbudowano dopiero za panowania Fryderyka Wilhelma i Fryderyka III. Podczas prac podwyższono główną wieżę zamkową nadając jej kształt szpicy z kopułą i latarniami. Na początku XVIII wieku zamek zaczął tracić swój rezydencjonalny charakter. W roku 1714 całe cenne wyposażenie wywieziono do Berlina. Kilka lat później miedziane dachy, rynny i rury spustowe zdemontowano, a uzyskany surowiec posłużył wojsku do produkcji armat. Od roku 1723 zamek stał się siedzibą władz administracyjnych, Nowej Marchii i Królewskiej Kamery Wojennej i Dominialnej. W roku 1730 rozebrano ganek łączący zamek z kościołem. Zamkowe mury otynkowano niszczą przy okazji renesansowe dekoracje sgraffitowe. W tym czasie zamkowe piwnice wykorzystywano jako więzienie. Na początku XVIII wieku w kostrzyńskim lochu przebywał neapolitański hrabia i alchemik Dominik Emanuel Caetano di Rugiero. Zajmował się on „produkcją” złota, co w owym czasie było chyba głównym zajęciem alchemików, jednak za brak efektów i niespełnienie obietnicy zapełnienia skarbca, został skazany na karę śmierci. Niemniej sławnym więźniem był przetrzymywany w roku 1730 późniejszy król Fryderyk II. Został uwięziony przez własnego ojca za próbę ucieczki z Prus do Anglii.
Kolejne zniszczenia zamku w Kostrzynie przyniosła wojna siedmioletnia. Szczególnie niszczycielski okazał się ostrzał artyleryjski miasta przez wojska rosyjskie w roku 1758. Przeprowadzona w roku 1770 odbudowa pozbawiła zamek renesansowego wyglądu. Zachowała się jedynie część portali i obramień okien. Zasypane zostały zamkowe fosy, nie odbudowano zniszczonych przez Rosjan dwóch wież przy skrzydle wjazdowym. Zamek zaadaptowano na archiwum i mieszkania dla urzędników. Wojny napoleońskie, podczas których w zamku funkcjonował szpital, a później koszary oraz kolejne XIX-wieczne przebudowy, nadały zamkowi wygląd znany z przedwojennych zdjęć. Widać na nich monumentalną czworokątna bryłę z charakterystyczną wieżą.

Najtragiczniejsze dla miasta i zamku okazały się wydarzenia z roku 1945. Zmasowane bombardowania tej ostatniej stojącej armii czerwonej w drodze na Berlin twierdzy, doprowadziły do całkowitego zburzenia starówki mającej siedem wieków historii. Masywne mury zamku, które przetrwały wojenną zawieruchę były silnie popękane i groziły zawaleniem. Niestety zamiast prac zabezpieczających władze w roku 1969 podjęły decyzję o wysadzeniu w powietrze pozostałości zamku. Z dawnej świetności zachowały się jedynie fundamenty. Źródło: