Kościół wybudowany został przez cieślę z Górnicy, Johanna Schönecka w 1792 roku. Przy budowie świątyni wykorzystano starą wieżę z kościoła pochodzącego z 1616 roku, ufundowanego przez kasztelana santockiego i międzyrzeckiego, Jana Czarnkowskiego.
Kościół drewniany konstrukcji zrębowej i słupowo – ramowej, salowy, zbudowany na wysokiej podmurówce, bez wyodrębnionego prezbiterium z nawy, prostokątnie zamknięty. Smukła wieża drewniana, trójkondygnacyjna konstrukcji słupowej. Kryta czworobocznym hełmem blaszanym, zwieńczonym krzyżem i chorągiewką z datą „1792”. Dach jednokalenicowy pokryty blachą z naczółkiem od tyłu. W oknach zachowane witraże z 1615 r.
Wnętrze otynkowane i wyłożone częściowo boazerią, strop belkowy. Wokół nawy chór muzyczny o prostej linii parapetu i empory, wsparte na słupach. Ołtarz główny, ambona i ława kolatorska późnobarokowe z XVIII w. W oknach witraże z herbami.
Kościół filialny św.. Jana Chrzciciela w Nowych Dworach należy do parafii św. Rocha w Wieleniu