Ufundowany wraz z klasztorem Augustianów w 1353 roku. Papież Innocenty VI wydał 5 lipca 1356 r księciu Ziemowitowi III i jego żonie Eufemii przywilej sprowadzenia na Mazowsze Augustianów. Ziemowit obiecał wybudować trzy klasztory: w Rawie, Warszawie i Ciechanowie.Tak więc data wybudowania kościoła, 1353 r, może być nieścisła. W przywileju papieskim są też wymienione nazwy kościołów. Warszawski miał być pod wezwaniem Świętego Ducha, św. Marcina i św. Doroty.
Otrzymawszy bullę papieską, książę kościół wymurował w postaci krzyża. Po obudwu zaś jego bokach postawił kaplice: po prawej ze strony Ewangielii ś-go. Ducha, po lewej ś-tej Doroty. Kaplica ś-go Ducha służyła jako przedsionek kościołowi: obok niej książę wzniósł zakrystyją. Klasztor wybudował na południe, a od przedsionka zakreślił cmentarz dla chowania zmarłych. Przez cmentarz także wchodziło się do kościoła. Z tyłu poza temi zabudowaniami zostawił pole na ogród. Fundusz był na utrzymanie dwunastu księży. Oddawszy potem kościół augustyjanom, podarował im jeszcze książę do wielkiego ołtarza obraz przeniesienia Najświętszej Panny, który potem zasłynął cudami.

Na terenach darowanych przez księżnę Annę Augustianom (obecny adres: Podwale 29) wybudowali oni szpital św. Ducha (obecnie nie istnieje). Tak to opisuje J. Bartoszewicz:


... Chciała żeby księża augustyjanie, którzy tyle dóbr posiadali, swoim kosztem wystawili szpital dla chorych, dowodziła albowiem, że dobra te przydzielone były do kaplicy ś-go Ducha i że na ten cel jedynie ofiarowane, przyobiecując uroczyście, że i majątek i zarząd szpitala pozostanie na zawsze przy zakonie. … Kiedy stanął szpital, księżna zawarła komplanacyją z augustyjanami, w której zapowiedziała im zarząd jego, … obiecywała dalej, że za życia do utrzymania szpitala dokładać się będzie, jakoż miała dawać co rok 60 kop żyta i po 40 dukatów...

I pomimo że ugodę tę spisaną w 1442 r zatwierdził papież Eugeniusz IV a wykonanie jej polecił nuncjuszowi Jędrzejowi Pallatio, księżna Anna ugody nie dotrzymała, na kościół i szpital nie łożyła, a w testamencie (1458) władzę nad szpitalem oddała lazarystom.

Pożar w 1478 r, który strawił całą ulicę Piwną aż po zamek, całkowicie zniszczył wnętrze kościoła. Popękały marmurowe ołtarze, spłonęły obrazy i ozdoby kościelne. Ocalał jedynie obraz z wielkiego ołtarza. Spłonął także drewniany dach i część dokumentów Augustianów znajdujących się w klasztorze. W czasie odbudowy przeniesiono zakrystię do kaplicy Wszystkich Świętych. Odnotowano, że ołtarz Pocieszenia Najświętszej Panny odnowił po pożarze kolator Kacper Rzepcha – mieszczanin warszawski.

W XVI wieku na dziedzińcu klasztoru odbywały się sejmiki generalne województwa mazowieckiego ("Często tutaj od wrzawy szlachty szablistej drżały mury klasztorne; czy posłów wybierać na sejm, czy deputatów na trybunał, czy podatki na ziemie rozkładać, czy urzędników mianować, czy konfederować się, wszystko to trzeba było odbywać na tak zwanych jenerałach mazowieckich w kościele augustynjanów").

Franciszek Antoni Kobielski - biskup łucki i brzeski, kanclerz królowej Marii Józefy, żony Augusta III, poświęcił kościół 28 sierpnia 1744 r.

Przebudowany i restaurowany w XVII i XVIII wieku. J. Bartoszewicz (pisownia oryginalna z pominięciem akcentów é):


W r. 1824 i 1825 zajął się zupełną restauracyją gmachów kościelnych ksiądz przeor Alipi Niedzielski. Ołtarz wielki razem z dwoma obok kazał pozłocić, odczyścić i wylakierować. Toż samo wielkie presbiteryjum i ambonę odnowił, a jedno i drugie wyzłocił. Chór dla kapeli dał wymalować, organy wyporządził, świeżą przozdobił malaturą, zakrystyją także wyporządził, sklepienie kościoła umocnił. Dach pod dachówkę cały kazał wybielić. Klasztor poprzednio był jeszcze, zaraz po rewolucyi francuskiej wyporządzony wewnątrz i zewnatrz i dachówką przykryty. Ksiądz Alipi miał także z akt klasztornych spisać historyją kościoła warszawskiego ś-w Marcina, ale do tego nie przyszło

Po wojnie odbudowany po znacznych zniszczeniach. Obecnie wnętrze jest w dużej mierze nowoczesne, wykonane wg projektu siostry Skrzydlewskiej. Na prawym filarze nawy tablica pamiątkowa poświęcona pamięci harcerek poległych w okresie od 1939 - 1945 oraz żołnierzy Brygady Spadochronowej, tzw. "cichociemnych".

24 maja 1977 r. rozpoczęła się w kościele dwutygodniowa głodówka opozycjonistów na rzecz uwolnienia aresztowanych robotników. Uczestniczyli w niej m.in. Bohdan Cywiński, o. Aleksander Hauke-Ligowski OP, Henryk Wujec, Stanisław Barańczak, Ozjasz Szechter, Kazimierz Świtoń. Funkcję rzecznika prasowego głodujących pełnił Tadeusz Mazowiecki.

Kościół pełni aktualnie funkcję kościoła rektorskiego sióstr franciszkanek służebnic Krzyża, znanych z prowadzenia zakładu dla ociemniałych w Laskach. W kościele tym spotykały się pierwsze grupy Odnowy w Duchu Świętym w Polsce. Kościół św. Marcina pełni tradycyjnie istotne role związane z nabożeństwami ekumenicznymi oraz duszpasterstwem środowisk warszawskiej inteligencji.
Źródło: CC-BY-SA 3.0 Polska