Neogotycki kościół filialny pw. MB Częstochowskiej wybudowany w 1844 r. na początku użytkowany był przez ewangelików. Kościółek mieści się przy ul. Zawadzkiego,w miejscu gdzie kiedyś mieszkali osadnicy niemieccy. Prawdopodobnie od ewangelików sejneńscy staroobrzędowcy dzierżawili pomieszczenie przy kościele na swoją cerkiew - molennę. W 1955 roku kościół został przejęty przez katolików z przeznaczeniem na wojskowy kościół garnizonowy. Po rozformowaniu garnizonu w Sejnach, świątynia służy głównie do odprawiania rekolekcji.