Wobec wzrastającej ilości mieszkańców Wrzeszcza, nastąpiła potrzeba budowy nowego kościoła ewangelickiego w Wrzeszczu, należących wcześniej do parafii Bożego Ciała oraz dla żołnierzy koszar huzarów wyznania luterańskiego.
Pomysł ten zrealizowano na działce położonej na rogu ulic Matejki (Johannistal) i Sobótki (Am Johannisberg) kiedy pierwszy pastor Eduard Karl Lutzew zlecił budowę w stylu neogotyckim nowego kościoła, poświęconego 6 X 1899, według projektu mekleburskiego architekta Gotthilfa Ludwiga Möckela. Od strony południowej zbudowano plebanię.
Od początku kościół pełnił funkcję świątyni garnizonowej dla pułku przybocznej cesarskiej kawalerii 'Leibhusaren" stacjonującego w koszarach przy ul. Słowackiego (Am Hochstreisß).

Po II wojnie światowej, kościół przeszedł w władanie katolików i stał się kościołem garnizonowym Wojska Polskiego.
Po 2001 roku, kiedy z Gdańska wycofano ostatnie jednostki wojskowe, świątynia ta stała się, kościołem jednostki śmigłowcowej stacjonującej w Pruszczu Gdańskim.
Obiekt składa się z dwóch naw niesymetrycznych oraz zakończonym prosto prezbiterium z zakrystią w aneksie. Nawa główna kryta jest dachem dwuspadowym, boczne-dwuspadowym poprzecznym. Fasada składa się z portalu z wielką nad nim rozetą, zwieńczoną trójkątnym szczytem z ostrołukowymi blendami a także figurami św. Apostołów Piotra i Pawła (nieformalnych patronów luterańskiego kościoła)
Narożnik północno-zachodni zajmuje wieża zegarowa wraz z kaplicą chrzcielną w przyziemiu. Narożnik północno-wschodni zajmują dwie cylindryczne klatki schodowe. Wnętrze kościoła posiada sklepienie o charakterze salowym z emporą nad nawą boczną. Zespół witraży przedstawia sceny z życia Chrystusa, ufundowane przez cesarzową Augustę Victorię, żonę Wilhelma II. Witraże powstały w pracowni Ferdynanda Müllera z Quedlinburga w 1899 roku , na co wskazuje sygnatura na witrażu przedstawiającym Jezusa i Samarytankę (Gestift v.Consul Heinrich Br. in Danzig 1899) i na witrażu w zakrystii (Jezus w Świątyni Jerozolimskiej) (Ferdynand Müller Glasmalerei Quedlinburg 1899).

Kościół wyposażony jest w 39 głosowe organy (z elektryczną trakturą), wybudowane przez firmę E. Kemper & Sohn z Lubeki. Instrument posiada kontuar wolnostojący przed prospektem, znajdujący się po lewej stronie chóru.
1 lipca 2009 powstała Parafia Wojskowo-Cywilna pod wezwaniem Matki Odkupiciela, wydzielona z Parafii Najświętszego Serca Jezusowego w Gdańsku. Pierwszym Proboszczem Parafii Wojskowo - Cywilnej przy kościele św. Piotra i Pawła został ks. ppłk Krzysztof Karpiński 30.06.2009 - 11.04.2010.