O ile kościół farny należał do mieszczan, to świątynia franciszkanów znajdowała się pod opieką śląskich książąt i lokalnych rodów rycerskich. Obecnie jest to trójnawowa hala z wydłużonym prezbiterium od wschodu (pierwotnie budowla była jednonawowa). W sposób typowy dla kościołów należących do zakonów kaznodziejskich usytuowana została wieża – od południa, u zbiegu prezbiterium i naw. Nigdy jednak nie wybudowano jej do końca. Kamienne elewacje opięte zostały przyporami i przeprute ostrołukowymi oknami z ażurową dekoracją geometryczną – maswerkami.

Barokowy portal zachodni powstał ok. 1738 r. Do nawy północnej przylega przedsionek nakryty sklepieniem sieciowym, mieszczący ostrołukowy portal z późnogotycką płaskorzeźbą przedstawiającą Ukrzyżowanie (umieszczoną wtórnie). Uwagę zwracają późnogotyckie zamurowane portale w elewacji kaplicy Talkenbergów (później Schaffgotschów) – zamknięte łukami kotarowymi i ozdobione motywem krzyżującego się laskowania.

Wewnątrz ostrołukowe arkady oddzielające nawy wspierają się na wielobocznych filarach. Korpus nakrywają sklepienia kolebkowe, wzbogacone żebrami o zróżnicowanych układach gwiazdy (jak w kościele farnym w Zgorzelcu) – charakterystyczne dla późnogotyckiej architektury sasko-łużyckiej, z którą związany był Konrad Pflüger. W prezbiterium zachowały się XIII-wieczne sklepienia krzyżowo-żebrowe.

Od północy do prezbiterium przylega dawna kaplica Talkenbergów, później Schaffgotschów (obecnie zakrystia), przekryta pięknym sklepieniem sieciowym. We wschodniej części zachowały się obramienia okien zamknięte łukiem kotarowym, typowym dla budownictwa saskiego z ok. 1500 r.

Po przeciwnej stronie w przyziemiu wieży kaplica Matki Boskiej Fatimskiej (dawna zakrystia, wcześniej kaplica Schaffgotschów).

W I połowie XIV w. Lwówek był siedzibą Henryka Jaworskiego. Gdy książę umarł w 1346 r., został pochowany w kościele obok swej żony Agnieszki, córki króla czeskiego Wacława II. Podwójna płyta nagrobna pary książęcej w 1905 r. została przeniesiona do sieni lwóweckiego ratusza – warto zobaczyć ten średniowieczny pomnik nagrobny.

Na murze otaczającym kościół urządzono lapidarium z kolejnymi płytami epitafijnymi.