Pierwotnie most wybudowany podczas wznoszenia drugiej linii murów obronnych Warszawy na przejściu ze Starego do Nowego Miasta - około 1548 roku został przebudowany w Barbakan. Projektantem budowli był architekt Jan Baptysta Wenecjanin. Wraz z pobliską Bramą Łazienną i Basztą Prochową tworzył tzw. Bramę Zakroczymską. Już w chwili jego wybudowania barbakan był anachroniczny i nie spełniał ważniejszych funkcji obronnych, głównie wskutek rozwoju artylerii. Tylko raz w swej historii uczestniczył w obronie Warszawy – podczas potopu szwedzkiego, kiedy to wojska króla Jana Kazimierza odbijały go 30 czerwca 1656 z rąk szwedzkich. W XVIII w. barbakan częściowo rozebrano, a w XIX w. jego pozostałości włączono w obręb nowo wybudowanych w jego miejscu kamienic. W latach 1937-1938, pod kierownictwem Jana Zachwatowicza zrekonstruowano fragment murów oraz zachodnią część mostu Barbakanu dzięki wyburzeniu stojącego w tym miejscu domu. Podczas oblężenia Warszawy w 1939 r. oraz powstania warszawskiego cała zabudowa Starówki uległa zniszczeniu. Po wojnie, z braku środków, Biuro Odbudowy Stolicy postanowiło nie odbudowywać kamienic okalających dawne mury miejskie. W zamian postanowiono odsłonić ich pozostałości i odbudować barbakan. Rekonstrukcji dokonano w latach 1952-1954 pod kierownictwem Wacława Podlewskiego na podstawie XVII-wiecznych rycin. W pracach posłużono się m.in. gotycką cegłą z rozebranych kamienic w Nysie i Wrocławiu