Szpital powstał w roku 1869 dzięki ofiarności publicznej, dobrowolnym składkom i balom dobroczynnym. Pierwsza siedziba szpitala znajdowała się przy ul. Solnej, pod nazwą „Zakładu prywatnego leczniczego dla dzieci dr. Sikorskiego”, któremu powierzono otwarcie lecznicy dla dzieci. Szpital początkowo posiadał oddziały dla chorych na odrę, ospę i płonicę, oddział okulistyczny i salę operacyjną. Większe zainteresowanie przyniosła szpitalowi zmiana nazwy na Warszawski Szpital dla Dzieci. Z czasem dzięki pomocy finansowej ze strony Aleksandry hrabiny Potockiej, Jana Blocha i Wilhelma Raua rozpoczęto starania o budowę nowego szpitala. 18 listopada 1875 rozpoczęto przyjmowanie małych pacjentów w nowym gmachu przy ul. Aleksandrii (zmieniona w roku 1907 na ul. Kopernika). W momencie otwarcia w szpitalu znajdowało się 79 łóżek. W przeciągu następnych lat nastąpiło rozwinięcie się szpitala (otwarcie nowych oddziałów, powiększenie liczby łóżek).

W 1884 roku wybudowano oddzielny pawilon chorób zakaźnych (20 łóżek, 2 separatki i sala operacyjna) z powodu dużej śmiertelności w oddziałach zakaźnych. Od pierwszego dnia powstania szpitala opiekę nad chorymi sprawowały Siostry Miłosierdzia (Szarytki). W ramach wynagrodzenia za charytatywną pomoc szpital zapewnił im mieszkanie z utrzymaniem. W 1934 roku otwarto oddział niemowlęcy – przyjmowano dzieci poniżej 2 roku życia, zmodernizowano laboratorium, pierwszy raz pojawiły się karty chorych dzieci. W tym samym roku zaczęto używać aparatu rentgenowskiego, a baza łóżkowa została poszerzona do 200 łóżek. Dalsze innowacje nie zostały wprowadzone z powodu wybuchu II wojny światowej. Szpital prowadził również działania dydaktyczne dla studentów IV i V roku Wydziału Lekarskiego UW z zakresu chorób wieku dziecięcego.

W czasie trwania powstania warszawskiego szpital przejął rolę szpitala powstańczego. W tym okresie budynki szpitalne uległy znacznym zniszczeniom. W roku 1945 rozpoczął na nowo swoją działalność jako „Miejski Szpital Dziecięcy nr 1”. Leczono dzieci nie tylko z Warszawy, ale z całego kraju. Zespół chirurgów składał się z lekarzy, którzy wcześniej nie pracowali z tak małymi pacjentami. W 1995 przeprowadzono generalny remont na Oddziale Chirurgii, a w następnych latach na kolejnych oddziałach m.in.: Niemowlęcego, Obserwacyjno-Wewnętrznego. Spowodowało to dużą poprawę warunków sanitarnych. W 1998 sytuacja szpitala uległa pogorszeniu wskutek włączenia go w struktury powiatu warszawskiego. Podjęto działania dążące do zamknięcia placówki.

Zmiana zarządu szpitala w 2000 roku spowodowała nową decyzję w sprawie likwidacji – szpital dostał nową szansę.