Kościół wybudowany w latach 1711-1716 na zgliszczach spalonego w 1707 r. kościoła, jako zbór ewangelicki Krzyża wg projektu Pompeo Ferrari przez Adama Stiera. W 1790 r. poważnie uszkodzony w wyniku pożaru. Odbudowany w 1805 r. W 1896 r. przeprowadzono kompleksową restaurację świątyni, w jej efekcie wykonano m.in. oświetlenie gazowe wewnątrz budynku oraz ogrzewanie parowe. W 1909 r. wieża kościoła została nakryta hełmem zaprojektowanym przez Karola Marcina Frantza. Po 1945 r. budynek wykorzystywany na cele magazynowe ulega poważnym zniszczeniom. Zniszczeniu ulegają nie tylko balkony ale także całe wnętrze i konstrukcja dachu. Dopiero w 1957 r. podjęto prace zabezpieczające kościół przed dalszą dewastacją. W 1946 r. budynek otrzymuje niewielka parafia polskokatolicka, lecz użytkuje ona tylko niewielką kaplicę powstałą z dawnej zakrystii i biblioteki. W 1977 r. kościół przechodzi w ręce parafii rzymskokatolickiej i dopiero wówczas zaczyna się tak naprawdę jego odbudowa po wojnie.
W latach 1956-1960 wokół kościoła powstaje lapidarium rzeźby nagrobnej z likwidowanych cmentarzy protestanckich.