Jaskinia Raj została odkryta w latach 1963/64. Ze względu na bogatą szatę naciekową, walory naukowe i dydaktyczne objęta jest ochroną jako rezerwat przyrody, jest też chronionym stanowiskiem archeologicznym. Udostępnienie jaskini zapewniło trwałe zabezpieczenie jaskini i jej szaty naciekowej, a ponadto umożliwiło przeprowadzenie ważnych badań naukowych. Otwarcie jaskini dla ruchu turystycznego nastąpiło w 1972 roku.
1963 - Józef Kopeć i Feliks Wawrzeńczak podczas wydobywania wapienia w łomiku na zboczu wzgórza Malik przypadkowo natrafili na prowadzącą w głąb skały szczelinę, przez którą wkrótce potem do jaskini przedostali się kilkunastoletni chłopcy z pobliskiej Sitkówki, dokonując pierwszych zniszczeń szaty naciekowej. Odkrywcy szczeliny zasypali ją blokami skały aby uniknąć ewentualnych wypadków.
1964 - Powtórnymi, świadomymi odkrywcami jaskini byli uczniowie Technikum Geologicznego z Krakowa (Bohdan Bałdun, Zbigniew Bochajewski, Włodzimierz Łucki i Wojciech Pucek). Podczas letniej praktyki terenowej przedostali się przez szczelinę do wnętrza jaskini, zwiedzili ją i zachwyceni jej pięknem oraz bogactwem nacieków nazwali jaskinię Rajem. Kilka dni później zwiedzili powtórnie jaskinię wraz z prowadzącą praktykę nauczycielką Mirosławą Boczarową. Otwór wejściowy był maskowany, a fakt istnienia jaskini utrzymywany w tajemnicy. O dokonanym znalezisku poinformowano Ryszarda Gradzińskiego z Sekcji Speleologicznej Polskiego Towarzystwa Przyrodników im. Kopernika, z którym ponownie odkrywcy zwiedzili jaskinię, wykonując jej plan i dokumentację fotograficzną.
1965 - w styczniu członkowie zarządu Sekcji Speleologocznej - R. Gradziński, K. Kowalski, W. Szymczakowski - zwiedzili jaskinię. O odkryciu zawiadomiono Państwową Radę Ochrony Przyrody oraz Wojewódzkiego Konserwatora Przyrody i zaczęto zastanawiać się nad sposobami jej trwałego zabezpieczenia. W czerwcu do prasy kieleckiej przeniknęły bliższe informacje o istnieniu jaskini, co spowodowało masowe, niekontrolowane zwiedzanie i przyniosło szereg zniszczeń. Zbigniew Rubinowski i Tymoteusz Wróblewski
z Oddziału Świętokrzyskiego Instytutu Geologicznego doprowadzili do tymczasowego zabezpieczenia jaskini przez zamknięcie kratą szczeliny wejściowej.
1966 - w porozumieniu ze Stefanem Kozłowskim z Państwowej Rady Ochrony Przyrody ustalono, że najwłaściwszym sposobem trwałej ochrony jaskini będzie udostępnienie jej dla ruchu turystycznego, pomimo wiążących się z tym zniszczeń szaty naciekowej podczas budowy trasy dla zwiedzających. Koło Naukowe Geodetów Studentów AGH wykonało mierniczy plan jaskini i jej otoczenia. Grupa kieleckich inżynierów (J. Medyński, M. Pamuła, K. Stąpor pod kierunkiem Z. Rubinowskiego i T. Wróblewskiego) opracowała wstępny projekt udostępnienia jaskini i związanych z tym prac.
1967 - 10 lipca Wojewódzki Konserwator Zabytków w Kielcach zdecydował o objęciu jaskini ochroną jako stanowiska archeologicznego.
1968 - 5 października Minister Leśnictwa i Przemysłu Drzewnego utworzył rezerwat przyrody „Jaskinia Raj”, obejmujący jaskinię i jej najbliższe otoczenie.
1967-1972 - Prace górnicze, budowlane i instalacyjne w jaskini i jej otoczeniu, połączone z naukowymi badaniami osadów wypełniających dno jaskini: archeologicznymi, paleontologicznymi, geologicznymi.
1972 - 10 maj uroczyste otwarcie jaskini dla ruchu turystycznego 7 października Państwowa Rada Ochrony Przyrody powołuje Naukowy Komitet Opiekuńczy Rezerwatu Przyrody „Jaskinia Raj”, którego głównym zadaniem jest czuwanie nad właściwą eksploatacją jaskini jako obiektu turystycznego.
b/h2010 za