W dn. 31 maja 1993 r. zawieszono ruch pociągów na odcinku Olecko - Gołdap, a 31 sierpnia 1999 r. na odcinku Olecko - Suwałki i Ełk - Olecko. W lutym 2005 r. reaktywowano połączenie kolejowe Ełk - Olecko, a w czerwcu 2006 r. Olecko - Suwałki. W 2010 zlikwidowano pasażerskie połączenie do Suwałk, a z końcem 2012 roku Przewozy Regionalne zlikwidowały połączenia do Ełku. W planach PKP istnieje także koncepcja odbudowy linii kolejowej Olecko - Kruklanki (Giżycko) i elektryfikacja wszystkich połączeń z miastem oraz budowa nowoczesnego dworca w ramach przebiegu przez miasto Rail Baltici.