Z całego zespołu klasztornego na specjalną uwagę zasługuje kościół św. Janów (Chrzciciela i Ewangelisty) z 1. poł. XIV w. Po kościele farnym jest on najcenniejszym zabytkiem Chełmna.
Kościół jednonawowy z prezbiterium trójbocznie zamkniętym, nad szczytem zachodnim prostokątna wieżyczka.
Do wnętrza z dziedzińca prowadzi manierystyczny, bogato zdobiony portal piaskowcowy z 1619 r. Wnętrze jest bogato wyposażone głównie z okresu działalności Mortęskiej, a uwagę zwraca wsparta na rzędzie filarów wydatna empora - chór dla zakonnic - powodująca, że wnętrze jest dwupiętrowe. W prezbiterium wysokiej klasy ołtarz główny o bogatej konstrukcji z przełomu XVI i XVII w.; w kaplicy północnej (Marii Magdaleny) m.in. płyta nagrobna Arnolda Lieschorena z 1275 r. - najstarszy zachowany nagrobek na Ziemi Chełmińskiej, epitafium pamięci zmarłych zakonnic z 1599 r ze sceną Wskrzeszenia Łazarza, dzieło warsztatu gdańskiego lub toruńskiego; między kaplicą a ołtarzem głównym obraz Pietà z kręgu wybitnego malarza toruńskiego, Bartholomäusa Strobla; w kaplicy południowej (św. Antoniego) m.in. ołtarz św. Wincentego a Paulo, w którego antependium znajdują się relikwie bł. Jana z Łobdowa (z Torunia) franciszkanina, przeniesione w XIX w. z franciszkańskiego kościoła św. Jakuba i Mikołaja po kasacie klasztoru.

Zespół klasztorny Sióstr Miłosierdzia w Chełmnie – dawny klasztor cysterek, następnie benedyktynek, obecnie Sióstr Miłosierdzia.
Klasztor znajduje się w północno-zachodnim narożniku Starego Miasta, na skraju wysokiej skarpy pradoliny Wisły. Dzięki swemu położeniu jest jednym z ważniejszych elementów malowniczej panoramy Chełmna. gotycki kościół pw. św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty jest budowlą ceglaną, jednonawową, 4-przęsłową, z pięcioboczną zamkniętą częścią prezbiterialną. Kościół jest oszkarpowany, od zachodu wznosi się wysoki szczyt, zwieńczony wieżyczką z początku XVII w. Korpus jest dwukondygnacyjny, dzięki wbudowaniu obszernej murowanej empory zakonnej. Wnętrze kryte jest sklepieniem gwiaździstym, niska część pod emporą – krzyżowym, wspartym na 2 filarach. Przypuszcza się, że budowę części dolnej zakończono w latach ok. 1310-1320, części górnej ok. 1330-1340. Budowę kończył warsztat zatrudniony przy wznoszeniu miejscowej fary. W 1595 r. do prezbiterium dobudowano od północy kaplicę grobową zakonnic, a od południa kaplicę św. Michała. W skład zachowanego północnego skrzydła klasztornego włączono tzw. Wieżę Mestwina, być może pozostałość nieukończonej siedziby krzyżackiej z 3 ćwierci XIII w. Skrzydła wschodnie i zachodnie uległy silniejszym przekształceniom. W XVII w. klasztor został gruntownie przebudowany. W XIX w., obok przebudowy wielu partii na potrzeby nowego zgromadzenia, na miejscu starszego wzniesiono wzdłuż ulicy neogotyckie skrzydło południowe z charakterystyczną wysoką wieżą (1897-1899). Więcej na: