Pierwsze dziesięciolecia istnienia placówki związane są ściśle z budynkiem Akademii Chełmińskiej, który znajduje się przy ulicy Szkolnej 6. Szkoła w tym budynku funkcjonował od roku 1920 aż po rok 1999. Wróćmy do początków XX wieku. Jest rok 1920 państwo polskie po ponad 123 latach niewoli zaborczej odradza się. Szczególnie radośnie niepodległość witają chełmnianie, którzy już dość mieli jarzma pruskiego. Władze oświatowe powołują do istnienia Publiczne Szkoły Podstawowe, które mają kształcić Polaków na potrzeby wolnej Ojczyzny. Okres międzywojenny szybko mija i nastają ciemne dni okupacji hitlerowskiej. 1 września 1939 roku młodzież chełmińska nie usłyszała pierwszego szkolnego dzwonka tylko ryk samolotów bombowych i myśliwskich z czarnym krzyżem na boku. W czasie okupacji hitlerowskiej Niemcy utworzyli tu szkołę dla dzieci polskich z wykładowym językiem niemieckim. Okupant z wrodzoną sobie brutalnością przystąpił do niszczenia wszystkiego co polskie. W szkole znajdował się bogaty księgozbiór, który miał zostać zniszczony.

Na wielki szacunek zasługuje postawa ówczesnego woźnego szkolnego i jego małżonki – Jana i Janiny Łobodzińskich, którzy z narażeniem własnego życia, uratowali znaczną część księgozbioru przedwojennej szkolnej biblioteki. Dopiero po wyzwoleniu miasta 23 stycznia 1945 roku młode pokolenie mieszkańców naszego miasta mogło uczyć się w tutejszej szkole. Do przystosowania budynku i sal lekcyjnych na potrzeby szkoły przystąpiono w kwietniu 1945 roku, pod czujnym okiem pierwszego kierownika tej placówki pana Antoniego Zawodzińskiego. Pierwszą czynnością było oczyszczenie i uporządkowanie budynku oraz podwórza szkolnego, wstawienie szyb w okna, znalezienie nauczycieli i zorganizowanie zapisów młodzież do szkoły. W latach pięćdziesiątych i sześćdziesiątych w szkole przeprowadzono drobne remonty modernizacyjne oraz remont boiska.
19 października 1964 roku szkoła przeżywała dwie wielkie uroczystości. Nadania imienia Filomatów Pomorskich oraz odsłonięcia tablicy pamiątkowej z okazji 600 – lecia Uniwersytetu Jagiellońskiego. Tak, w budynku dawnej „ Jedynki” w latach 1680 – 1779 mieściła się kolonia Uniwersytetu Jagiellońskiego zwana Akademią Chełmińską. 14 lat po tych doniosłych wydarzeniach, 1 czerwca 1978 roku społeczność szkolna przeżywała wielkie święto. Otrzymała bowiem sztandar, który stał się dumą szkoły.