Historia zakładu ściśle związana jest z historią sądu powstałego w 1827 roku. Budynek sądu stanowi zabytek klasy średniej. Początkowo właścicielem był Konwent Misjonarzy, potem przebudowany pod władzami pruskimi i przeznaczony na sąd. Budowa osobnego budynku więzienia rozpoczęła się na przełomie lat 1876/77. Jednocześnie powstał masywny mur zamykający podwórze sądu. W 1907 roku nastąpiła dalsza rozbudowa budynku więzienia. Między innymi dobudowano nowe wejście. Od 1920 roku właścicielem Sądu i Więzienia nazywanych wtedy Sądem i Więzieniem Grodzkim stał się Skarb Państwa Polskiego. W okresie okupacji (od 06.09.1939-28.01.1945 trwała okupacja Chełmna) hitlerowcy przeznaczyli więzienie dla przetrzymania swoich ofiar z terenu Chełmna i okolic. Prawdopodobnie wykonywano tutaj również wyroki śmierci. Po wyzwoleniu budynek więzienia ponownie przejął Skarb Państwa. Nie pełnił on jednak już przedwojennej funkcji lecz wykorzystywany był na różnorakie magazyny od tekstylnych do budowlanych. Dopiero na przełomie roku 1957-58 budynek przejęło Centralne Więzienie w Grudziądzu, które rozpoczęło kapitalny remont dla przystosowania go do warunków więziennych. Postawiono też mur odgradzający podwórze sądu z osobnym wejściem, a także bramę wjazdową. Od tego też okresu rozpoczyna się współczesna historia aresztu. Siłę roboczą stanowili więźniowie z Centralnego Więzienia w Grudziądzu, którzy początkowo byli dowożeni, a w miarę upływu czasu zakwaterowani na miejscu. Nadzór sprawowali funkcjonariusze delegowani z Centralnego Więzienia w Grudziądzu. W miarę postępujących prac modernizacyjnych zaczęto kompletować załogę spośród funkcjonariuszy z innych jednostek więziennych. Przyjmowano też nowych pracowników zamieszkałych w Chełmnie. Od tamtego czasu zmieniła się zarówno liczba zatrudnionych funkcjonariuszy jak również zagospodarowanie wnętrza budynku jednostki. Jego wygląd zewnętrzny nie zmienił się natomiast od lat.